电影中，在尼奥觉醒之前，一个机器人特工就足以击败墨菲斯他们所有人，这就是双方之间的实力差距。
此时，帝国学院的十三个人也全都化身机器人特工，一群人浩浩荡荡的从楼里走出来，营救尼奥已经是不可能的了。
但就这么放弃尼奥，更是不可能。无奈众人只能远远尾行着，看看特工们到底会怎么处理尼奥。
不出肖寒所料，尼奥被带走之后，很快就又被放了出来。
“看来肖寒说的没错，他们不知道尼奥的重要性，所以准备放长线钓大鱼，通过尼奥来弄清楚我们的真正目的！”
墨菲斯语气轻松了许多：“我们先撤，他们肯定在尼奥身上放置了追踪虫子。不过他们的做法，只会让尼奥更加坚定矩阵的存在，接下来我们联系他就简单多了。”
尼奥作为救世主，自然拥有特别之处。他是为数不多在沉睡中就能感知到矩阵存在的人，所以墨菲斯在寻找他的过程中，他也一直在寻找墨菲斯。
在这个基础上，肖寒他们只要找到了尼奥，想要接触到他其实很简单。只不过现在尼奥身上带有“尾巴”，需要帮他解除掉那条“尾巴”才行。
一行人再次分开行动，墨菲斯带人回到了大本营，肖寒、钟玥汝、崔妮蒂还有李惊龙则远远跟在尼奥周围，排除隐藏风险。
晚上八点，天上突然下起了大雨。肖寒他们跟着尼奥一整天，发现并没有人监视尼奥之后，墨菲斯便正式开始联系尼奥。
尼奥果然在等待着墨菲斯的联系，很快，便按照墨菲斯的指示，来到了约定地点。
肖寒接到尼奥之后，立马把特工们放在他体内的追踪器取了出来，这才带着他去见墨菲斯。
在矩阵之中的尼奥，并不是本体，而是尼奥思维构建成的虚幻角色。墨菲斯他们想要推翻机器人的统治，必须要找到尼奥的本体。
但尼奥的本体跟全世界的人类一样，沉睡在机器人的培养皿中，盲目的寻找是绝不可能找得到的。
所以墨菲斯在寻找队友的时候，会拿出一红一蓝两个药丸让对方进行选择。选择蓝色药丸，便会继续沉睡。而选择红色药丸，则会被唤醒。
沉睡的人只要服下药丸，墨菲斯他们就能捕捉到他所发出的信号，然后就能从机器人的“巢穴”之中准确找到目标。
此时尼奥在跟墨菲斯聊了一会之后，便也选择了红色药丸。很快，药丸开始发挥药效，矩阵外面的人快速锁定尼奥的信号。