延熹元年，唐玹任京兆尹，这是一个很不好的信号，赵岐是聪明人，自然觉察到了危险已经步步逼近了。于是，赵岐带着堂侄赵戬逃走，不出赵岐所料，唐玹果然逮捕了他的家属和亲戚，将他们全都诬陷杀害。
赵岐避难四方，到达过许多地方。后来隐姓埋名，在北海卖饼为生。安丘人孙嵩见到赵岐后，觉得他不一般，于是询问赵岐道：“我看你不像是买饼的人，问你话你又脸色有变，你如果不是与人有深仇大恨，就是逃亡的人。我是北海的孙宾石，家中有百余口人，也许可以帮你的忙。”赵岐于是以实情相告，孙嵩将其带回家，设宴款待，把他藏在夹壁中好几年，这几年赵岐并没有白白渡过，赵岐写出了共三十二章的《厄屯歌》。
后来，唐玹和他的家人全都死了，赵岐得到大赦才得以重见天日。三府（太尉、司徒、司空）知道后，同时征辟他。延熹九年，赵岐接受司徒胡广的征辟。适逢南匈奴、乌桓、鲜卑扰边，公卿都举荐赵岐，于是拜赵岐为并州刺史。赵岐到任后想要上奏守边的策略，但还未上奏，就因为第一次党锢之祸遭罢免，赵岐于是把它整理成了《御寇论》。灵帝继位初年，赵岐又因为第二次党锢之祸被禁锢十多年。
光和七年，黄巾之乱爆发，灵帝下诏选用以前的刺史及二千石官员中文武双全的，于是征拜赵岐为议郎。中平二年，车骑将军张温西征关中，请赵岐补任车骑将军长史，屯驻安定郡。大将军何进又举荐赵岐任敦煌太守，他在路经襄武县时，被反贼边章等人抓获，边章想要胁迫赵岐任他们的大帅，赵岐费尽口舌才得以幸免，辗转到陈仓时，又遇到乱兵，只能裸身自救，躲在草丛中十二天不进食，历经磨难才回到了长安。
初平元年，董卓西迁献帝至长安，再拜赵岐为议郎，不久，任太仆。赵岐著有《孟子章句》十四卷、《三辅决录》七卷，在当时广为流传，他对《孟子》研究颇深，以大儒闻名于世。赵岐善画，曾自画四贤像于自己的墓中。
赵岐一生颠沛流离，历尽磨难，他身上原先的书生积习也随之一扫而空了。如今的赵岐年近六十，人情练达，老于世故，明哲保身，再也不强出头了。本朝两次党锢之祸，使一大批清流饱经沧桑，流连与民间数十年，因此能够体会民生艰难，这一派人被称为清流中的实干家，赵岐就是其中的代表。
赵岐和马日磾份属至亲，经常往来，再加上他人情练达，马太常脸上的得意之色溢于言表，赵岐如何看不出来。“翁叔，你定是心有所得，不放开诚布公地讲一讲！老夫也好提起把把关，毕竟老夫藏身民间数十年，民间疾苦比你清楚得多。”
“姑父说得是！”马日磾拱手说道：“如何确保凉州数十万百姓不至于饿死，我倒是有几条儿建议。其一，尽快恢复全境，立即耕种。其二，并州军发放粮食，或者借贷。其三，开设粥厂，赈济灾民。其四，号召文武百官捐出粮食??????”
“哈哈哈哈！”还没有等马日磾说完，赵岐就笑弯了腰，笑得马太常不知所措了，好一阵儿他才止住了笑。“翁叔，咱们来一条条儿掰扯！第一条，现在都五月份了，种麦已经来不及了，顶多只能种上一季豆，光靠豆能吃饱吗？若想恢复凉州全境，至少还要一两个月，到那时种什么都晚了！所以，这一条不可行！若是长安城附近还将就。”
“第二条，发放粮食，数十万人，若想不至于饿死，总得一人五石（汉朝一石约等于20公斤），你算算一共要多少粮食？且不说大司马有没有，便是有，换了是你，你愿意无偿分发吗？再说借贷，本朝的利息每月三分是最轻的，百姓们借得起吗？即便借得起又拿什么还？若是卖儿卖女，和全家饿死又有什么分别？”
“第三条，开设粥厂，赈济灾民，这一条确实可行，但是只是将就着不饿死罢了，还是解决不了根本问题。第四条更是迂腐之极！你号召文武百官们就能捐钱捐物吗？做你的春秋大梦吧！若是他们有这个心思，长安城内还能斗米万钱吗？”
一听这话，马太常的双眼立刻就暗淡下去了，他沉默了半晌儿，才沮丧地说道：“姑父，依你之意，这几条竟然全不可行？唉！百无一用是书生呀！难道就这么看着数十万凉州百姓饿死吗？”“怎么可能？”赵岐摆摆手：“大司马何等英雄？他定有办法！”