高层大半死亡，琴酒半残，贝尔摩德失踪，boss成了难以入目的一团肉渣和血混合的东西。
被江户川柯南称之为黑衣组织的这么一个跨越半世纪之久的国际犯罪集团，终于在诸多官方组织的联手下开始覆灭，成了一盘散沙。
接着的便是成年人的疯狂加班和各种调解的合作会议，还有针对江户川柯南等人的药物研发。
灰原哀得到了一整个实验室，还有一组研究员。由于组织的制药资料大半成了火焰里的废墟，她不得不从头研究起aptx4869。不过这次人力物力充足，想来不会耗上太多时间。
永梦木爱知以事故死亡的名义从帝丹高中的学生名单中消失了，而安室透也辞退了波洛咖啡厅的工作，世良真纯在一切安稳以后终于和自己的家人们团聚。
值得一提的是，带走了诸伏景光的江口的联络员是黑田兵卫，降谷零的里理事官，也是易容了的赤井秀一失踪已久的父亲赤井务武。而赤井秀一混入组织的原因是由于父亲的失踪，这下不仅父亲没有死，母亲赤井玛丽——也就是世良真纯背后的mi6——也只用等宫野志保研发出解药就可以回归原先的生活了。
宫野明美终于能回到日本与自己的妹妹团聚。战后苦尽甘来的第一件喜事便是她与赤井秀一的婚礼。
诸伏景光也和自己的兄长见了面。他的哥哥诸伏高明在长野县担任刑警，曾从伊达航那里拿到过降谷零寄过去的穿孔手机，本以为自己的弟弟已为正义献身，这下得知他还活着实乃意外之喜。
警校五人组多年后终于得以团聚。
世界似乎步入了皆大欢喜的和平阶段，然而有一个人却始终都没有露面。
——江口。
为了收尾，又为了追捕一些漏网之鱼，忙碌得脚不沾地降谷零不得不把哈罗寄养到了宠物店。他在日日夜夜忙昏头的时候没有忘记自己还有一个女朋友，隔日还是会回家一趟洗漱更换衣服，顺便看看另一个人有没有回家。
然而事业顺了，爱情似乎就不顺了。
江口没有再出现。不仅没有回家，甚至也没有去找过其余人。她似乎忽然蒸发了，连电话也打不通。
降谷零有想过她可能和自己一样，在漫长的潜入任务结束之后终于回到了所属机构，然后忙得分不出手来。更有可能的是像他不愿与mi6等外国机构合作，江口那边恐怕也不愿意和公安有所情报交流，因此沟通方面有所阻塞。
无论如何，大厦将倾，组织的覆灭有条不紊的进行着，boss与高层的离世象征着跌倒的乌鸦再也无法翻身，利益被贪婪的黄金之色高层分食殆尽，剩余的威胁基本不再是威胁。
至少降谷零可以确信江口是安全的。
半个月，再多半个月。
降谷零冷静地安抚自己。
明明已经脱离了单身却还可悲的在圣诞节氛围里加班，回家了还只能抱狗过日子，牙痒痒地看着宫野明美和赤井秀一幸福美满地结婚。
再给她半个月的时间。如果她还回不来，他就会如约地出去找她。至于可能存在的部门冲突之类的矛盾都滚一边去吧。
于是半个月后，迈入了一月份。
江口仍然是杳无音讯。
算准了时间，十五天一到，降谷零就拿出了江口从京都回来后送给他的那个平安健康的御守，把里面的发信器倒出来。
江口正是靠这个一路追着他到鸟取的。
他委托了科技部帮忙进行反追踪，遗憾的是接收信号的终端似乎已经关机，这一次尝试石沉大海。
降谷零并不意外。所以他转头就去找了江户川柯南。
这孩子看在终于安全了的份上，即便解药还没研发出来也冲到了毛利兰的面前自曝身份，就是为了让她安心。由于先前仗着身体是小孩和女朋友（被迫）一起洗过澡，现在被毛利兰多次调侃还在读小学的事情，并且严禁在恢复身体以前和她做任何情侣相关的行为，以至于柯南跑回了自家住，动不动就去隔壁阿笠博士家敲还寄住在这里但是休学了的灰原哀的门，一如既往的哭天喊地求解药。
少年侦探团的孩子们则是在学校多了一个熟悉的银发异色瞳的超强体育老师，偶尔还可以代班教英语的那种，就是不知道为什么有的时候和副班主任的若狭留美老师不太对付，时不时竟然还打起来。
……打起来超恐怖，堪比假面超人里的决战场面。
降谷零去按工藤家的门时没人应，他转而去敲阿笠博士家的门。
少年侦探团的三个孩子正在里面应要拉好不容易放个假的灰原哀去露营，她由于听说外出监护人里包括库拉索而非常抗拒，柯南则抱着后脑勺笑看她挣扎。
见到降谷零的到访众人都是很惊讶。
“是安室哥哥！”
“安室哥哥好久不见——”
“最近都去做什么了呀？为什么不在波洛咖啡厅了？”
孩子们叽叽喳喳的有了新的目标，灰原哀总算能松了一口气，然后狠狠瞪了柯南一眼。
伪小孩干咳一声，扭过头。
“安室哥哥来这里做什么？”
降谷零摆出安室透的笑容温声逐一应过孩子们的问题，接着望向柯南。
“我找你有点事，是关于江口的。”
柯南啊了声，接着像赶小鸡仔一样让少年侦探团几位接着去说服灰原哀，然后拉着降谷零到一边。
“她怎么了吗？”他小心翼翼看了对方一眼，“是还没有出现……？”
“是啊。”
降谷零紫灰色的眼眸里一片骇人的暗沉。