《魔尊》讲述的是天生魔胎的男主秦非渊，是封印在魔域内的魔族全村的希望。
魔族倾尽所有把秦非渊送出魔域，却不想他竟意外落到了距离魔域不远处的禹城，被城中老乞丐捡到，抚养长大。
这是《魔尊》全文中，秦非渊所感受到的唯一亲情。
老乞丐护着秦非渊，直到秦非渊成长至十二岁，老乞丐离世，秦非渊卖身葬掉老乞丐，成了禹城内富家少爷的小厮。
富少爷对秦非渊动辄打骂，时常以欺辱秦非渊为乐，三天两头架着马车把秦非渊绑在马车后头拖着跑，弄的他遍体鳞伤。
后来富少爷被人怂恿，竟把秦非渊绑到老乞丐墓前，派人掘坟挖墓，当着秦非渊的面公然嘲笑。
秦非渊不堪老乞丐死后受辱，反抗被围殴，半死不活倒在地上，被路过的修复魔域封印的璇玑尊者遇到，捡回风云宗。
这就是秦非渊悲剧的开始。
璇玑尊者楚无玥，此人性格孤僻，却十分惜材，他见秦非渊资质不错，顺手把人捡回风云宗，可在治疗过程中察觉到秦非渊体内似有魔骨。
有魔骨之人，只有两种可能，要么是天生魔族，要么是人与魔族的混血。
璇玑尊者无法确认秦非渊是那种情况，便对他厌恶起来，又碍于面子无法把人赶出宗门。
以防意外，璇玑尊者将收秦非渊收为徒弟，放在眼皮子底下安心。
却不传授任何剑术法阵，对其放任，不教，不管。
甚至有时，璇玑尊者会因为旁人的诬陷，责罚与秦非渊。轻则去‘思过崖面壁’，重则用‘戒尺’惩打。
导致秦非渊在风云宗内虽辈分高，却受尽苦楚辱骂，在一次新弟子外出试炼时。
秦非渊被其他弟子当做诱饵吊在树上，想引诱妖祟，怎料到引出了魔渊内难缠的鬼魔。
众弟子为了抵御鬼魔疲惫不堪，多数受伤，他们将这事怪在秦非渊身上，又怕诸位长老知道他们用活人引祟。
就把同样因为抵御鬼魔而遍体鳞伤的秦非渊，打下魔渊。
回风云宗时，谎称秦非渊被妖祟吞噬，已灰飞烟灭。