而后尊鸿钧道人法旨，女娲捏土造人，人类开始繁衍，并创立妖教。
为妖教教主，人道妖道，合为一体。东皇太一带领上古妖族，一部分为天庭，掌天，立有天条；一部分为下界子民（所以此时，也称为天皇年间）。彼时，妖族为三界正统。但东皇忌惮女娲为圣，是以女娲不管妖皇之位。
而十二祖巫掌管六道轮回，立有地规，六道轮回中的盘古精血随人类、妖族的轮回，附着于魂魄之上，再生出来，便有天生神通，是为大巫，形成巫族。
巫门一脉，无盘古元神烙印，空有无边法力，却不能参悟天机。是以先就性情缺失，断无人性，凶狠暴戾。大巫无元神，祖巫却有，只是先天不足，以至不能成道。除非得三清圣人盘古元神烙印；或祖巫归一，聚集盘古真身，再以混沌钟力证。是以祖巫之间不合，混沌钟更在妖族手中，为巫妖之争种下因果。而大巫，虽无元神，但天生神通，法力高强，形成共工、祝融、有熊、九黎、防风等许多部落。大巫有夸父、后羿、蚩尤、刑天等。
天庭中，太一为天帝，手下众多上古妖兽，都是肉身修炼，三百六十五路妖族大圣，分管周天星斗、日月更替，可借星力修炼，那星斗就是以此命名。东皇太一为因果纠缠，只得完过巫妖杀劫，以力证道，那星斗至尊太阳星，更是由自己十子三足金乌交替管理。太一根据后天之数，创有两大守护阵法，一是周天星斗大阵，二是混元河洛大阵。鲲鹏祖师为天庭妖师，又有计蒙、英招、毕方、饕餮、青牛等妖神。
人间界中，祖巫好战，共工与祝融不知何故在不周山大战，双双身殒，其间共工怒触不周山，天柱断，女娲补天。
东皇十子犯过天条，东皇责罚轻，大巫夸父不满，行夸父逐日之事，东皇十子杀夸父。大巫后羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。后羿射日之后又被众多妖神杀死，东皇第十子陆压取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。
由此，引起巫妖大战。巫族有剩余十祖巫，妖族有东皇太一凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。女娲由于身为圣人，不可逆了天数，又碍于与玄冥后土两女交好，故未插手妖巫之争。
巫妖大战中，鲲鹏祖师因看妖族与巫族的战斗渐渐不利于自己，居然背叛妖族，在帝俊跟祖巫战斗最重要关头，变成大鹏将河图洛书偷走，帝俊因此分心，未能及时防备，被祖巫自爆而死。
太一在其兄帝俊死后，大怒之下击杀几大祖巫，祖巫见渐渐不敌太一，于是剩余的几大祖巫，在愤怒之下，强良，烛九阴，帝江，祝融，自爆身躯终于是把太一弄的身受重伤，太一仰天嚎怒：“天地不仁，以万物为刍狗，圣人不仁，以生灵为蝼蚁，这便是天道？竟然天道要灭妖族，那么我今日拼死一战！”说罢，引爆元神与剩余的几大祖巫同归于尽。
若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道（如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主），巫妖两族由此势弱。
巫妖一战，洪荒（即人间界）泯灭，碎片化成太虚星空、人间地球，因地域狭小，诸天修士迁移地仙界。