几天之后，曹跃借口儿子出生正在偷懒，突然得知张之洞张中堂病了，不得不回到住处修养半年以上，所以朝廷改革一事不得不交给曹跃来接手。曹跃一下子懵了，张之洞怎么又生病了？而且如今朝廷的改革缺不了张之洞的稳重和大局观。
所以曹跃连忙打算拜访张之洞，听太医说张之洞是长期劳累所导致，需要静养四五个月才能恢复，如果不休息的话，命不过半年。基于这个原因，工作狂张之洞在家人的劝说之下才停下工作，开始养病休息。
曹跃对此很是不安，带着名贵礼物送到张之洞跟前，张之洞苦笑说你这百年高丽参用的不是地方，一旁的太医忙说张中堂是劳碌导致，不能吃这些火气大的补品，只能慢养静养，最好静养一年。
曹跃苦笑道：“恩师若是静养一年，朝廷就要乱咯。”
张之洞道：“所以到年底科举考试的时候，我再重新主持。”
曹跃也只能接受了，毕竟他也不能累死张之洞吧。
李鸿章回家，张之洞生病，张荫恒外放到东北去做了东北总督，自己的岳父陶模入京之后年纪大了，也处理不了太多的事儿，所以军机处只剩下曹跃、刘名誉、升允、鹿传霖四个。其中升允能力不足，鹿传霖因为是后党出身行事小心翼翼，所以大多数的工作都交给曹跃和刘名誉来做，曹跃只能起早贪黑工作，这当会儿，真是累死个人了。
为了增加军机处的人手，曹跃提携兵部左侍郎冉东、吏部左侍郎徐世昌、礼部左侍郎宋育仁、翰林院大学士瞿鸿机四人进入军机处处理朝政。这四人之中只有瞿鸿机算是经验丰富，而冉东甚至只有秀才功名，算是军机处里除了曹跃学历最低的了。
但是人家曹跃也是大学士——最没有文化的大学士，既不会诗词歌赋又不会做八股文的大学士，怕是古往今来唯一的一位了。
所以冉东进入军机处，不怕他的学历低——有曹跃垫底呢。
曹跃接手张之洞的改革计划之后，才发现这个改革有多难，改革最需要的就是钱了，没钱谈什么改革。朝廷赚钱无非两个办法，增加税负或者国办工厂。然而因为两年的战争，税收无从谈起，且曹跃大手一挥免了这两年华北地区的税负，朝廷的收入少了四分之一。但如果贸然增加南方税负，必定又会引起南方士绅阶层的反抗，给刚刚崛起的民族工业造成损失。
而官办的工厂又面临着管理混乱，侵吞财产，官员只顾自己敛财不顾效益的风险。官民公办工厂也有一个大问题，大家不相信政府，唯恐政府突然将工厂收归国有，私人投资得不到保障。
曹跃立即将工部左右侍郎赵凤昌与唐元湛叫来，与他们商议如何开放商业，如何改革官办工厂的命运问题，赵凤昌说如果想要增加商业流通，首先的一点就是要减少商业流通渠道的税负，如各地厘金的问题。所谓厘金有点类似于保护费，主要是有各地驻军来收取的，是因为清末各地团练武装绿营太多，朝廷无法支付全部粮饷允许其自筹的一种方式。
不过后来大家看厘金比较容易来钱，便你也设立厘金，我也设立厘金，一个县城，出城要收钱，进城要收钱，走到两县交界处也要收钱。厘金制度大大地遏制了商业流通氛围，阻碍了中国商业发展。