随后的几天里，商毅一面等待着朝廷的晋升旨意，一面也督促的穆陵关里的各项工作的进行情况。
首先周世奇和周少卿将人口统计和分配安排计划制定出来，经过他们的统计，现在商毅集团一共有人口八万三千四百七十七人，男子为五万一千六百九十三人，女子为三万一千七百八十四人，其中青壮年男子为四万二千一百三十七人，少年男子为五千三百五十二人，青壮年女子为二万三千四百二十二人，少年女子为三千六百七十三人。共计户籍为二万八千八百二十五户。
按照支持，在沂水县安置一万三千三百三十五户，其中有五千一百七八户安置在县城里，其余分设为十五个村子安置，在临朐县安置一万一千八百七十四户，其中有四千三百二十九户安置在县城里，其余分设为十二个村子安置，分另有三千六百一十六户安置在穆陵关内。另有清军的俘虏八百四十六人，也全部都安置在穆陵关内。
商毅对此也没有异议，让周世奇和周少卿立刻着手去安排。
而这时叶瑶瑱和孙和京将穆陵关里所有的物资也终于统计完成。除去支助给曾化龙的十万两白银和五万石米之外，穆陵关里目前的物资依然十分丰富。
在银钱贵重物品方面，有白银一百一十二万六千五百两，黄金七千四百六十两，珍珠一千六百八十余两，还有各色绸缎共二万三千七百余匹，缎衣和裘衣四千二百余领。各种器皿一万三千六百三十余件。在粮食方面有，各种米栗十四万五千二百石，面粉三万六千六百七十石，杂粮六万三千七百石，另外还马匹牲畜的饲料六万二千五百余石。而在牲畜方面，不计马匹，有牛四千六百三十七头，驴六千七百五十八头，猪一万二千六百七十四头，羊一万一千三百八十六头，鸡鸭家禽六千四百七十余只。
从目前来看，商毅手头上，仅粮食一项，就足够支付一年半有余，但因为现在工匠和士兵的薪酬主要还是以粮食支付，因此粮食的实际供应，连一年的支持不到。而商毅又命人赶忙去联系青州府的林家，看看能不能通过他们，从南方购买粮食。有多少买多少，反正现在银子充足，多屯积粮食，绝对没有坏处。
同时为了禁止粮食外流，商毅又严令规定，在自己的管辖区范围内，没有穆陵关千总司的允许，禁止任何私人从事粮食买卖业务，一经发现，本地居民的家产土地一率充公，全家都罚作苦役。外地商贩的财产没收，并视买卖数量给予处罚。
第一卷 野望篇 第一七九章 军队整编
在其他各项工作进行的同时，军队的统计工作也完成了。目前商毅手下一共有正规军二万二千四百五十七人，民兵及少年军八千三百七十八人。另有战马六千五百七十三匹，各种火铳二千零四十八支，大小火炮计三十四门。各种盔甲计有三万四千五百畲件，刀枪盾牌等武器四万五千多件。
而经过了唐镇和孙和斗对士兵们详细解释，成为正式士兵之后能够亨受到的优惠条件，加上这一段时间以来，穆陵军连续获胜，商毅也从未苛刻士军的军饷，有不少士兵都觉得当职业兵其实也不错，而且还有相当一部份士兵和清军有仇，觉得跟着商毅，有希望报仇，因此绝大多数人都想继续当职业兵，纷纷报名。当然也有一部人不想再当兵了。一切都以他们自愿的原则进行。
最终有一万八千七百五十二人愿意继续从军，其余的人，就则都全部转为民兵。而商毅也马上开始着手，对全军的编制进行一番大的整编。
军队的编制方法，在戚继光所著的《纪效新书》里有过详细的说明，现在的明朝军队，也基本都是按照戚继光的方式来编制军队。但商毅显然不打算釆用这种通常模式。
其实就在清军退兵之后，商毅就以经在考虑重新编制军队的问题，他的目地是要把自己的军队，打造成一支全新的军队。因此准备借鉴后世的军队的班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，以表示和这个时代的其他军队的区别。
当然虽然在后世，世界各国几乎是全部釆用班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，但俱体编制的人数，并没有一个定论，不仅是在不同的国家各不相同，而且就是在相同的国家，在不同的时期，也是不一样的。商毅也没有必要去死搬硬套。在这几天的时间里，以经完全考虑成熟了。
因此唐镇和孙和斗将统计出来愿来从军的人数上报给商毅之后，商毅立刻招集全军的主要将领，招开军事会议，并将自己制定出来的建制向众人宣布。
按商毅制定的军队建制，以十人为一班，设班长一名、副班长一名；五个班为一个排，设排长一名，副排长一名；四个排为一个连，设连长一名、副连长一名；四个连为一个营，设营长一名，副营长一名；四个营为一个团，毎个团设团指挥部，团长一名、副团长一名、团参谋长一名，文书二名，团部警卫班一个，由十人组成。两个团为一个旅，三个团为一个师。若干个旅师组成军团或纵队，但目前的建制只到团级为止。而各级军官也都从以前各大队、小队的队长、以及有战功的士兵中选拨。
本来按商毅的想法，还计划引入后世共和国军队的政治委员这一职位，在连、营一级设立政治指导员，团级以及未来的旅、师、军团、纵队设立政委，以加强对全军的政治思想教育和控制，但目前自己手头上缺少有文化并接受自己思想观念的军事人员，另外在大明朝还在的情况下，在军队中设立政治委员这样的职位，也过于敏感了，因此商毅只能暂时取消这个打算，等以后再说。
对商毅这的安排，众将都没有意见，一来商毅在众将心目中有很高的威信力，他的意见在一般情况下，都没有人会反对。二来在这个时候，天下大乱，军队的编制方式其实也没有一个严格的规定，而团长、营长、连长这类叫法都是各级军官的名称，和官级大小并没有关系，因此众将虽然都觉得很新鲜，但并没有什么不妥的地方。
这样一来，全军目前共分为五个团、毎个团的标准人数为三千三百八十三人，可以成为一个独立的作战部队。另有两个独立营，毎个营的标准人数在八百四十二人。
各团的军官人选分别是：一团团长唐镇、副团长蒋义渠、参谋长鲍铜钢；二团团长周少桓、副团长童大勇、参谋长黄震；三团团长成进、副团长成钢、参谋长赵英杰；四团团长王信、副团长赵英豪、参谋尤洪亮；五团团长罗远斌，副团长刘伯涛、参谋长赵拓。
两个独立营分别为骑军营和侦察营，骑军营的营长由杨武丞出任，而侦察营的营长为周琦、副营长为吴汉生，四个连的连长分别是何冲、田楚、张达江和段鹏。
按照商毅的计划，每个团的备配为两个全火枪兵营；一个火炮营，拥有火炮二十到四十门左右，由一个炮兵连操纵火炮，一个铺助连，使用其他火器，另有一个火枪兵连，付责保护火炮，并使用其他火器，一个骑兵连，付责侦察敌军动作，为火炮提供射击方向，另外每一门火炮将配驴马三到四匹，包括有炮车一辆，弹药车一辆；剩下的一个营为后勤营，付责运输物资和后勤保障。
骑兵营为全骑兵编制，每名士兵配两匹战马，作战时会根据战事的需要，临时编入所需要的其他各团中或着独立作战。而侦察营也会根据战事的需要，分散为连排单位，向其他各团提供侦察人员。
当然目前穆陵关的火炮和火枪数量都不足，只能一个一个团来实现，计划将在这一年内逐步补充齐全。这样毎个团将拥有火枪一千八百支左右，超过全团半数，这也是商毅所希望达到的目标，未来自己的军队，将是以火器为主要武器。
因此商毅也要求孙和鼎立刻扩大枪炮房的规模，至少要达到每月制造火枪三百到五百支，火炮十到二十门的水平。同时也要求火药作坊和木工作坊，加紧制造火药、车辆等。
同时商毅又重新制定了军官士兵的饷银标准，士兵被分成三个等级，分别为初级列兵、中级列兵、高级列兵。每月的饷银分别为三两、四两、五两白银。班长是八两、副班长七两，排长十二两、副排长十两，连长为十八两、副连长十六两，营长为二十四两、副营长二十一两，团长为三十两，副团长、团参谋二十七两，文书十两。
当然士兵的饷银支付也是在十两白银以内，可以自选是白银或是米支付，毎石米拆价按二两白银计算，超出十两白银的部份，一率用白银支付。另外士兵所分到的田地的租金，则是全以白银支付。
而士兵的等级划分，暂时以从军时间长短为标准，现在穆陵军的士兵大体分为三类，一是从民团时代是跟着商毅的士兵，这批士兵从军的时间最长，训练最系统也最严格，经历的战斗也很多，经验也最丰富，同时也最受商毅信任，这批士兵现在一共有两千四百多人，新编制的班长、排长等中下级军官有很多都将从他们中间选拔，而其余的也全部都提升为高级列兵。
第二类是在商毅守卫穆陵关时陆续招募，这批士兵从军的时间也不短，经历过一段时间的严格训练，基本都参加过与清军的历次作战，也有相当的作战经验，除了少数立下过一定功劳的士兵提升为高级列兵，其余全定为中级列兵。
第三类就是在守卫济南府时，从难民中招募，也包括一部份原来的青州兵，这类的人数最多，有一万二千多人。都经历过济南战役，也算见过大阵仗，但训练时间不长，基础普遍不足，因此还需要一段时间的严格训练，他们全定为初级列兵。
士兵的分级暂时就是这样确定，商毅本还打算引入后世的士、尉、校、将的军衔制度，但目前的条件还不允许他这样做，因此也暂时只定了士兵的三个等级。而低级的士兵可以通立战功，或者是通过测式，升级为中高级的士兵。商毅规定毎年都会举行一次士兵等级测式，考核通过的士兵，都可以得到晋升一级的机会。
而商毅对军队又做出了另一项大的改变——就是取消了自己军中的跪拜礼节。
来到了这个时代之后，商毅最反感和最不习惯的就是下跪叩头礼节。因为做为现代人，商毅除去在极少数特殊时候，比如祭奠去世的先辈、英烈，或者是结婚庆典这种场合，在其他时候，对无论是什么原因的下跪行为都非常排斥，无论是自己给别人还是别人给自己下跪，或者是看到别人给别人下跪，都很不适应。
在商毅看来，下级对上级下跪，绝对是一种不正常的关系行为。虽然在目前，有些时候他也不得不对别人曲膝下跪，但至少可以取消在自己军队里的跪拜行为。于是将所有的下跪礼节改成了行军礼。而且还是采用立正站好，右手四指伸直并陇，斜指在太阳穴边的后世的军礼。同时也规定，下级给上级敬礼之后，上级必须还礼。
对于这一点，穆陵军的众将都觉得非常意外，因为在他们的观念里，下级给上级下跪，是天经地义的事情。不过商毅取消下跪，只是在本军队中，而且耍说有受损的，反而是商毅自己，既然商毅这么决定，其他人也只有尊行了。
第一卷 野望篇 第一八零章 奉旨进京（上）
众人通过军队重新编制的决定之后，商毅也立刻下令，开始按自己制定的编制方式，对全军进行整编。首先确定了五个团的团指挥部，然后让各团指挥部讨论确定自己的下级军官，然后报到商毅这里来批准。
当然这里面也少不了扯皮拉筋的事情，因为不少人都会被各团部争来争去，毕竟打了这么多仗，谁能打大家心里都基本有数了。比如在守卫穆陵关时从军的王虎，虽然从军的时间不算长，但在数次战斗中，都表现得十分勇猛，因此虽然只被确定为是个排长，但有三个团部都争抢着要他，一直闹到商毅那里去了。
最后商毅也没有办法，只能用抽笺的方式来决定王虎的归属，结果三团幸运的抽中了乐透笺，得到了王虎。后来商毅索性就全用抽笺的方法，确定各个团部挑人的先后顺序。
而就在这时，朝廷的旨意终于下到了登州，要曾化龙带商毅即刻进京朝见。曾化龙收到圣旨之后，也觉得十分奇怪，因为在圣旨中，并未说明对商毅有什么晋升嘉奖，也就是说现在商毅将以一个千总的身份，到北京去朝见皇帝。
原来曾化龙上传到北京的奏本，引起了整个大明朝廷的巨烈震荡，一个小小的千总，在十余万清军南下的袭掠中，虽然独守一座关城，与清军大小进行了十三战，全部获胜不说，斩首竟高达一万七千余级，还收复了二县一府，解救了十余万被清军抓获的百姓。
兵部和朝中的几位内阁大臣看到这一份奏本时，就像是看到天书一样，大眼瞪小眼，仿佛根本就看不懂一样。每一个人心里都在想，这会是真的吗？大明朝莫非真的出了第二个戚继光了，这个叫商毅的千总是何许人也，怎么会有这样的本事？就连崇祯皇帝心里也惊疑不定，心里也不敢相信这里真的，但却又又盼望是真的。
这时内阁首辅周延儒以经顶不住压力，自请到保定、昌平一带督师、抗击清军去了。因此崇祯也无法确实来自山东的消息是真是假，正打算派人去山东察看，这时却收到了沈扬等锦卫衣人员发回来的密信。
因为这时他们一行正在河北一带打探消息，并没有回到北京。但还是将山东的消息传到了朝廷。虽然在密信中并未详细记录在山东发生的所有战事，但却明确提到守卫穆陵关的千总商毅是一个人材，并且记录了锦衣卫随商毅收复济南的过程。
崇祯看完密信之后，这才信相曾化龙的奏本或许将商毅的功劳有所夸大，但也不算是做假，起码收复二县一府，解救十余万百姓，又在济南挡住清军的进攻，这可都是真的。而就算是这样，这功劳在大明来说，也是绝无仅有的了，因此祟祯也不禁大喜过望，立刻下令，要兵部和五军都督府议论，该给商毅升什么样的官职，是否如曾化龙所请，晋升商毅为山东总兵。
但崇祯的决议一传下，立刻引起了许多官员的反对，因为不少官员都认为，商毅所立下的这些功劳太不合理，需要进一步核实确认之后，才能议论升官的问题，还有一部份官员干脆就直接认定这是假的，这是曾化龙假报战功，荒报军情，应该将曾化龙和商毅抓到北京来问斩。
结果这一来二去，崇祯的信心又动摇了不少，而且他又不好向众人说，自己是从锦衣卫那里得到的确切消息，于是又经过一天的议论，官员们也终于决定出一个办法，先不给商毅封官，而是把曾化龙和商毅招到北京来，当面询问清楚再说，如果是真的，那么就再给曾化龙和商毅加官进爵，如果是假的，那么就对不起，在北京就把他们两人拿下问罪。
崇祯听了之后，也觉得这是最好的办法，尽管以商毅一个小小千总的身份，其实根本就没有资格进京朝见皇帝，但现在非常时期，也只有破例一回了。
曾化龙接到圣旨之后，虽然觉得奇怪，但想了一想，也马上猜出了个八九，不过这也难怪皇帝生疑，这样的事情，说出来确实谁都难以相信，反正商毅的战功都是真的，就是到了北京也能说得清楚，因此曾化龙到也没往心里去，一面收拾行马，准备上京，一面又派人通知商毅，让他也准备一下，到青州府来等自己，然后两人一起结伴进京。