在政权建设的同时，李自成还展开了血腥手段，清除异己，以更独揽大权，在军中建立自己的绝对权威。在当时，李自成部实际是由李自成、罗汝才、革、左五营三支力量组成。虽然以李自成实力最大，但另两支也不容小视。于是在崇祯十六年（1163年）三月，李自成诱杀了罗汝才和革、左五营领头的贺一龙，革、左五营的另一位头领马回回逃到湖南。而李自成收编了罗汝才的部份和革左五营的其他三营。随后李自成又纵兵消灭了活动于河南一带的小袁营，首领袁时中被杀。
至此，李自成己拥有河南、湖北之地，拥兵五十余万，而且大权独揽，以经拥有了争取天下的实力。
这时张献忠的势力尽管还不如李自成，但在攻取了武昌之后，又收编了部分罗汝才和革、左五营的旧部，实力大增，便也学着李自成的样子，在武昌建立起自己的政权来。而且他比李自成还更进一级，自称西王，以楚王府为王宫，称明朝为朱朝。同时还颇有附庸风雅之意，还完起了开科取士的游戏，还录取了状元、进士，并授以官职。
两位农民军的大佬都开始向着正规化的方向发展，在这种情况下，崇祯自然是坐不住了。正好这时陕西总督孙传庭上疏主动请战，要统兵东出潼关，进取河南之地。崇祯正是无人可用之时，难得孙传庭主动请缨出战，自然是大喜过望，立刻就要下诏调孙传庭出关平寇。
不过朝中也有不少官员认为孙传庭出关是冒险之举，因为孙传庭部几乎是崇祯的最后家当了。一但有个闪失，不仅关中难保，而且还会危及全局，因此孙传庭还是应该暂时呆在陕西不同，视吴甡督师的结果而再作决断。
但内阁首辅陈演却极主张孙传庭出关，可从和吴甡、左良玉形成南北夹攻之势，有望一举击溃李自成和张献忠。当然陈演的实际目地，还是为了分一分吴甡的功劳。
但陈演的主张却是正中崇祯的心意，因为这个时候的崇祯，就像是一个输红了眼的赌徒，将自己所有的本钱全部都押了出去，做最后一搏。因此崇祯不顾其他大臣的反对，立刻下旨，进孙传庭为礼部尚书，改任督师、总制陕西、四川、河南军务，赐尚方宝剑，尽早领兵出关参战。
同时，崇祯又下令吴甡，让驻军庐州，立刻开始进攻李自成。又下令左良王，立刻从九江回军向西，进攻张献忠。合力剿灭匪寇之乱，同时下达圣旨到穆陵关，催促商毅出兵。
而且为了这次合力剿灭匪寇成功，崇祯又作出许多姿态，再一次下了“罪己诏”并宣布免河南五府三年租税，不过实际上这时河南以不在明朝的控制之下了。并且又许下了赏格：生擒李自成者，赏万金、爵通候；擒张献忠者，官极品，世袭锦衣卫指挥使。
商毅知道了这些消息之后，也不禁感叹，这一回崇祯可真是下了血本了，比在另一时空的规模，还要大了不少。当然如果这三部人马如果能够精诚合作，全力以赴，虽然说不一定就能一举扫平李自成和张献忠，但使局面缓合一些，让眀朝在多撑几年，还是完全做得到的。只不过商毅知道，想让孙传庭、吴甡、左良玉这三个人团结合力，是跟本做不到的。
这时己是崇祯十六年六月十二日，局势发展到了这一步，商毅也知道，在也拖不下去，应该出兵了，出兵的日期就定在六冃十五。因此一面转告朝廷，自己出兵的日期，一面调集人马，准备出发。
其实这时穆陵关里的各项准备工作都做得差不多了，也完全可以出兵。按照商毅的计划，先期出动是第二团和第三团，骑兵营和两个侦察连，另外配辅兵一千人，郎中五十人，共计有九千人左右。携带三千石粮食，每名火枪兵配一百二十发弹药，每门火炮配带八十发弹药，实心弹和散弹各占一半。第四团将于十五天以后，携带补给物资，启程上路。
六冃十五日，关城也为出发的队伍举行了盛大的欢迎议式，随后士兵们告别了亲，踏上了南下的征途。
第二卷 落日篇 第十四章 庐州聚兵（上）
商毅的人马是在七月初二到达庐州。而这时吴甡等着他，以是等得望眼欲穿了。
虽然吴甡比商毅动身的时间早了大半个月，但北京离庐州更远一些，而且中原地区以被李自成所占，还必须绕着道走，再加上吴甡又是刻意放慢了行军的速度，因此只比商毅提前了七天到达庐州。
之所以把这次吴甡南下督师的地点放在庐州，是因为长江中游的地区被农民军占领，特别是武昌失守，导致南京吃紧。崇祯最担心的就是农民会顺江而下，一举攻克南京，席卷江南诸地。南京不仅是明朝的第二首都，同时也是整个江南地区的屏障，而现在明朝的财政收入有七成来自于江南地区，因此南京一但失守，不仅仅意味第二首都失守，而且等于是彻底切断了明朝的财政收入来源。
在这种情况下，吴甡南下督师的首要目地，就是先要保住南京不失。然后再能再谈其他的事情。而庐州就是南京的门户，左良玉己驻军在九江，吴甡再守住庐州，基本就可以保证南京的安全了。
不过吴甡在南下的过程中，虽然走得不快，但他也不是一点事情都没有做，而且在沿路上尽力招集地方军马，扩大自己的队伍，使人马达到了五万余人。同时又下令驻守在安庆府的刘良佐和黄得功部也得自己靠陇，分别驻守六安州和庐江，保护庐州府西南入口。而且这样一来，加上刘良佐和黄得功部至少在名议上，吴甡手里以经拥有了近十万的大军。
同时吴甡也深知手里只有人马还不行，因为人要吃，马要喂，还要有银子才能使士兵卖力作战，没粮没钱，就什么事也办不了。因此又让南京的兵部尚书史可法，筹备粮草军资，运抵庐州以供军用，以便人马到了庐州之后，至少在后勤补济方面有充份保障。
事实上在这个时候，崇祯选择吴甡南下督师也不是没有道理。吴甡为人虽然狡猾了一些，但还是有相当的能力，早在崇祯六年（1633年）的时候，就干过剿贼镇抚的事情。可以说在目前来说，无论吴甡能不能担负起督师平乱的重任，但也只有他是最合适的人选了。
史可法也是十分尽职尽责的官员，和吴甡又是同属于一个阵营的——都是东林党人，因此对平乱的事情也十分上心，亲自劝说江南的富户巨商，勋戚豪门，支助钱粮物资。
而武昌的失守对南京的震动还是非常大的，张献忠可是有名的杀人魔王，整个江南地区都有些人心惶惶，但心张献忠会顺江而下，直取南京。而且江南一带基本都是富饶之地，又是全国最大最重要的产粮区，尽管现在是明末又是小冰河期，但总体来说，条仵还是比河南、陕西等地区好得许多。因此很快就筹集了一批钱粮。而史可法也亲自押送着第一批七万石米和三十万两白银赶到庐州。
正好这时吴甡的大军也到了，得到了这一批钱粮之后，吴甡才觉得有了几分底气。不过吴甡也清楚，虽然自己手下有了近十万大军，不过壮壮胆子还可以，想要指望这伙人去和李自成拼命，根本就靠不住。而且在路上他也接到了商毅以经从青州出兵的消息，因此到达庐州之后，也并不急于出兵，而是耐心的等待着商毅的到来。正如崇祯将全部的希望都寄托在吴甡的身上，而吴甡的希望，则全部都在商毅身上了。
听到商毅的人马到了，吴甡也十分高兴，立刻要出城去迎接商毅，正好这时史可法再庐州还没走，他也听说过商毅的名字，对他颇感兴趣因此也和吴甡一齐出迎。
等见到了商毅的人马到来之后，吴甡终于彻底安了心。
对商毅在山东的战绩，吴甡并没有亲眼见过，还有些半信半疑，但在北京看了商毅的人马阅兵时的表现之后，吴甡也不得不承认，商毅的人马，在大明朝来说，绝对是一支劲旅，绝不比关宁铁骑差，因此才在崇祯面前极要求，调商毅的人马南下。也把这次南下督师的全部希望都放在商毅的身上了。
但吴甡心里还是有一些疑虑，因为商毅阅兵时，只有五百人马，虽然堪称精锐之师，但毕竟人数太少了。吴甡甚致怀疑，这五百人马会不会是商毅的家丁。在明末时期，中高级武将和一些抚镇地方的文官都会有自己的家丁，其实就是他们的私兵，而家丁的数量则是根据个人官职的大小，财力的雄厚而定，从几十人到数百，乃致上千都有。
虽然家丁不是朝廷的正式编制，但亨受的却是最好的待遇，使用最精良的武器装备，甚致会把朝廷下拔的军费武器装配都用在自己的家丁身上。因此家丁战斗力也远远超过了其他朝廷正式编制军队。当年吴三桂救父，所带的五百人马，其实都是他的家丁。而朝廷对家丁现像也基本是睁一眼，闭一眼，默认下来。如果接受检阅的都是商毅的家丁，那么尽管精锐，太毕竟人数太少，恐怕也难当大任。
但看到商毅的军队之后，吴甡才发现，商毅的人马虽然人数不多，还没有达到他承诺的一万人马，而且衣甲也有些奇怪，但军容整肃，队列齐整。这时正是七月初的时节，是一年中最为炎热的时候，顶着烈日行军，如果换了其他的明军队伍，恐怕早就以经怨声载道，乱不成军了。但商毅的全军竟然毫无动摇，一个个仍然是昂首阔步，精神百倍的样子，别说怨言，就连一个弯腰哈背的都没有。显然是军纪严眀，经过了严格训练的。
吴甡见了自然是喜不自禁，商毅的人马，果然都是精锐之兵，看来这次南下督师，还是有几分把握的。就连史可法也不禁有些动容，因为他没有见过商毅阅兵，因此见到商毅部军之后，所感受到的震憾力也比吴甡要大得多。不过由于立场不同，史可法没有吴甡那么惊喜，相反到是可以更为客观仔细的观察商毅的军队。
商家军的装配与其他明军有明显的不同，火枪兵的人数在全军中占的比例明显比其他明军要大得多，骑兵的数量也不多。而且只有长枪兵、刀盾兵是全副盔甲，而火枪兵只有一顶带沿铁盔，一件背心似的铁甲，只齐腰下，左右两片战裙是用皮制，小腿打着白布裹腿，穿多耳麻鞋，斜背着一个牛皮挎包。而骑军的装束和火枪兵差不多，只是多了铁制的护臂和护腿。另外战马只有在马头、马颈和正前方带着护甲。
史可法也是管理过军务的人，懂一些军事，因此到也能够理解，商毅这么做大概是为了减轻士兵的负担，因为火枪兵是远程打击的兵种，一边来说是不会与敌军进行格斗作战，也就没有必要穿着那么多的盔甲。至于骑军的装束，大概是商毅更注骑兵的速度而不是正面的冲击力吧，这到也无可厚非。不过在史可法看来，商毅部火枪兵的数量看来好像太多了一点，万一放完枪之后，敌军冲到近前来怎么办呢？
而最让史可法感到奇怪的是，商毅军的士兵内衬穿的并不是明军惯穿的鸳鸯战袱，而是一身灰绿色的紧衬服装，这一点在炮兵身上看得由为明显。因为炮兵是没有任何盔甲，只是用牛皮打成一个十字型的绑带，系在身上，而且人人戴着一顶八角型半沿的军帽，在正中位置，还镶着一颗红色的五角星。十分古怪的样子。
不过督师并不是史可法，因此他虽然觉得奇怪，但并没有说什么。而吴甡更没话说，只要商毅来了就好，管他们穿的是什么？就是穿蕂甲，披兽皮也没关系。
商毅到是全套标准的盔甲，连自己的钢盔都没带，赶来向吴甡施礼，道：“末将见过督臣，只因路途遥远，晚到了几天，还请督臣见谅。”
吴甡把商毅扶了起来，呵呵笑道：“以恒，不晚，不晚，你来了就好。”顺手指了指身边的史可法，道：“这位是南京兵部尚书史可法，史宪之大人，快去见礼吧。”
尽管在这个时代商毅以经见过了不少历史上的名人，甚致还亲手改变了两个人的命运，但听到了史可法的名字，商毅还是禁不住大吃了一惊，因为史可法在历史上可是大大有名，在明末的官员中，他是极少有以正面形像出现的官员，从私德上，史可法正直、廉洁、从公事上说对明朝忠心耿耿，直到最终困守危城以身殉国，是一个几乎无可挑剔的完美形像。
尽管在后世，也有人认为史可法处理南明事务时，出现极大的失误，包括商毅也有这种看法，但那是史可法的能力问题，与品行无关。商毅虽然也认为史可法有许多不足之处，更不会唯史可法马首是瞻，但也承认史可法和明末的大部份官员相比，还算是一个值得敬重的人。因此也上前两步，向史可法施礼道：“末将见过史大人，久闻史大人大名，今日一见，实在幸会。”
第二卷 落日篇 第十五章 庐州聚兵（下）
众人寒喧了一番之后，吴甡让商毅人马暂时都扎在城外，然后带着商毅进城。来到府衙，吴甡下令聚集众将，设宴招待，也算是众将都互相见一见面。
因为商毅是最后一个到的，因此众将到齐之后，吴甡先像商毅一一引见。虽然在场只有十余战将，不过都是大有来头，仅总兵衔的，就有四个人：马科、黄得功、刘泽清、刘良佐，还有两名京营军的两名参将：冯元庆和彭瑞，另外还有三名地方上的武将分别黄州府的守备高君远，颖川卫的都指挥使谢科，武昌府的参将崔文荣，加上商毅正好是十名武将。
这几个人中，至少对这四名总兵，商毅到是有一定的了解，马科原来是洪承畴的部下，曾经出任过山海关的总兵，算起来还是吴三桂的前任，参加过松山之战，败回之后声誉大跌，再也没有出任过什么重要职位。而黄得功、刘泽清、刘良佐这三个人在眀末都是大大有名，都是后来都成为南明江北四镇之一。四镇的另一位是高杰，这时他还在孙传庭手下干活。
其中在另一时空里，清军退兵之后，刘泽清被封为山东总兵，驻守临清。后来李自成打到北京的时候，崇祯调刘泽清部进京协守，结果圣旨被刘泽清当了擦手纸，理都没理。不过在后来清军打到江北的时候，刘泽清、刘良佐都投降了清军，只有黄得功一个人战死，为明朝尽了忠。
吴甡像众将介绍商毅的时候，马科到是拱手施了一礼，道：“商将军，久迎大名。”
商毅也回了一礼，道：“马总兵，久仰了。”虽然商毅的官职和品级都比他们小，但却有一个临邑伯的爵位，因此也能和这几位总兵分庭抗礼，不相上下。
而黄得功上下打量了一下商毅，才道：“久闻商将军大名，今日有幸在此相会，以后定要向商将军讨教讨教。”
商毅淡淡一笑，道：“黄总兵太客气了，子曰：三人行，必有我师。何况我们十畲人，又有督臣与史尚书在此，在下有何德能，不能当讨教二字。”
刘泽清只是点了点头，皮笑肉不笑道：“听说商将军在青州大破酋奴十万大军，真是少年英材，又在京师有救驾之功，蒙皇上厚爱，破格提用，看来是前途不可限量，日后我等还要请商将军多多照应才是。”
商毅笑道：“刘总兵过奖了，逐驱鞑虏，人人有责。在下当时虽然只是一介千总，但亦有保境护民之责。何况我等为武将者，自然征战疆场，为国尽忠，方才不负朝廷重望，皇上的恩典，在下不过是尽人臣之本份而己，又岂敢自居其能。”