军队驻扎下来之后，商毅下令，歇兵几天。因为这次追击张献忠的作战，士兵们在二十多天的时间里，来回奔走三千余里，可以说是十分废劳，需要有一个短暂的休息时间。至于浙江那边怎么样，那就不是商毅考虑的范围了。事实上在商毅心里，还希望叛军能多闹一些时间，沉重打击一下浙江地方的豪强势力，为自己进驻浙江减少一些阻力。
而且商毅也需要时间对整个队伍进行一些重新整编。因为从这次南下征战的过来看，商毅以经明显感觉到兵力不足。仅仅只是剿乱平叛的征战还可以，但想要守住占领的地方，就显得捉襟见肘了。而这次东进浙江，丿目地以经非常明确，就是长期占领，因此商家军要扩大规模，以经是在所难免了。
现在商家军南下以经快满三个月了，虽然经过连续作战，但人员的伤亡并不大，一共仅仅只阵亡了五百余人。但除去商家军南下的一万二千多人马，两千辅兵以外，现在队伍又扩大了不少。加上李定国和沈云英的部众，投效商家军的官军和农民军以经超过了两千人，同时罗远斌驻守武昌的期间，也有不少百姓愿意投军，目前以经招收了近四千人，现在全部都作为商家军的预备军，总计人数超过六千。
其中只有李定国和沈云英的部众，是刚刚投效商家军，其他人基本都接受了一段时间的正规训练，有相当一部份士兵接受训练的时间都超过了一个月。
另外现在商家军俘虏的闯军和西军人数合计也达到了一万三千多人，而且绝大多数的俘虏经过了一段时间的强制劳动改造之后，以经明显有了改变，开始懂得守规据，守纪律起来。态度也老实了许多。可见这套办法是颇有成效的。
不过目前来说，商毅还不能完全相信俘虏，因此扩军的对像还是在预备军和辅军中选拔。只是李定国和沈云英的部众因为是刚刚投降，还没有接受商家军的基本训练，尽管商毅对李定国寄于了很大的希望，但选拔制度是不能破坏的，否则就是对全军的不公平，这次他们都将不参加选拔。
想入选商家军的预备军并不难，只要四肢健全，跑、跳、耐力、力量达到一定的标准，就可以被选入，基本上来说，一个正常的成年男子都能达标。但想成为商家军的正式士兵，标准就要高得多了，在基本素质中增加了许多阻碍设置，如翻越高墙，爬坡，跨越、匍匐行进，负重奔跑等等，还有一些枪刺、徒手格斗等武技的考核。而且十分严格，一点通容的于地都没有。
不过经过了选拔之后，还是有三千多名预备军顺利的通过了考核，成为正式士兵。原来投奔商毅的几名明军的军官，冯进、章一平、吴礼林也都顺利通过了考核。商毅对这次选拔的结果也十分满意，这说明罗远斌在驻守武昌的这段时间里，在训练新军上花了一番心血，因此也对罗远斌大加表扬。
不过成为正式士兵并不表示就能马上形成战斗力，还要进行整编和一定的阵形、团队作战、局部小队作战以及火枪射击的训练。商毅首先挑选出一部份考核成绩优秀的，填补了三个主战团的伤亡缺口，同时又将骑兵营增扩了三个骑兵连和一个侦察连。
杨武丞的骑兵营本来就是扩大编制，有五个连，扩编三个连之后，实际是两个营的编制，总计兵边为一千七百一十四人，仍是杨武丞出任营长。这次南下，侦察营只出动了两个连，由副营长吴汉生带队，现在扩大到了三个连，商毅将他们定编为侦察二营，由吴汉生出任侦察二营营长。
这样一来，剩余的新兵只能组成三个营，商毅将这三个营暂时编入到三个主力团中，三个新营的各级军官一部份由考核成绩优秀的新兵中选拔，也有一部份是从三个主力团中抽调，冯进、章一平、吴礼林都当上了连长，也是新兵中官职最高的人。但三个新营的营长全部都是由老兵担任，以达到以老带新的目地。
而落选的和新加入的预备军合计约还有二千五百多人，商毅将他们也编成三个营，李定国、沈云英，还有另一名原明军的把总刘远报出任三个营的营长。
虽然这一次李定国和沈云英没有参加选拔，但他们都亲眼目睹了商家军选拔正式士兵的全过程，因为整个选拔的过程即严厉而又公平，选上的固然高兴，选不上的也无话可说。只能怨自己平时训练不足。说穿了中国人其实都是不患贫，患不公。因此两人也对商毅佩服的五体投地。
整编完毕之后，商家军的总兵力接近一万六千人，加上预备军和辅兵，总计有两万多人。与刚南下时相比，兵力增加了三成多，对实现商毅立足浙江的目地，基本足够了。
随后商毅才下命，整理钱粮物资。准备东进。
这时南下收获不小，主要是从张献忠身上狠狠的发了一笔横财，共计获得了白银七十余万两，粮食十多万石。不过由于武昌的难民消耗巨大，而且安置居民也花费了巨大的钱粮费用，因此总计花耗了十万多两白银，两万多石粮食。另有马匹近四千匹。这也是商毅要扩大骑军营的重要基础。同时还拥有大小船只一百三十二艘。因为武昌到南京正好是沿江而下，因此商毅也决定，船只用来装运钱粮物资，士兵沿江步行。
不过得知商家军要离开武昌，居民都来见商毅，忍请商家军留下来继续保护武昌府，百姓们纷纷下拜，哭声盈野。连不少商家军士兵也都十分感动。
几名受百姓公推出来的老者跪在商毅面前，叩头不止，道：“商将军啊！我们这辈子也没有见过你这样的好官，你这一走，要是贼寇再杀回来，我们可怎么办啊！你就留下来吧，就留在武昌府别走了。”
王夫之在一边看得十分感动，也劝道：“乡亲父老们，你们放心吧，商将军另有重任在身，不得不离开，而且朝廷会马上派遣地方官员来管理武昌，也就和我们留下来一样。”
有一个老人听了，道：“王先生，这年头朝廷的官员那一个不是只想贪污发财，有谁会管我们这些百姓的死活，上那儿还去找商将军这样的好官。他这一走叫我们怎么活下去呀！”
王夫之听了，心里也只能苦笑，他虽然没有做过官，但也知道这个老人说得一点都不假，现在就是这样的世道。
商毅心里也被弄得酸溜溜的，只好道：“各位乡亲们，你们的好意我都知道，其实我也不想离开武昌府，可惜我并不是湖广的官员，只是平乱到这里来，如今朝廷有令下来，我也不得不离开。不过张献忠以经被我们赶跑，谅他也不敢回来了，你们就放心在武昌安居，重建家园吧，我会给你们留下一些钱粮，日后如果有缘，说不定我们还会再回来的。”
众人听商毅这么说，也知道挽留不住，只好一个个都向商毅叩首告别。随后商毅又下令，给每一户人家发放五两白银、五斗粮食，至少可以保证他们未来二三个月之内的生活。
大军启程之后，还有不少百姓们跟在人马两侧，一直送出十几里地。
第二卷 落日篇 第九十一章 南京
商毅率领人马刚刚出发，连续收到五份吴甡发给自己的催促檄令，其中在第二天竟连续收到三份，都是叫他尽快赶到南京。
原来吴甡到达南京之后，得到得全是坏消息，浙江叛乱的范围越扩越大，不仅是绍兴府和杭州府、就连嘉兴府、湖州府、严州府、宁波府都以经失守，叛军以经攻占了围绕着杭州湾的所有地区。同时也在分兵两路，一路进攻广徳州，打通进攻南京的通道，另一路进攻苏州府，想彻底攻占长江以南的地区。
而且这时凤阳总督马士英也向南京告急，说河南永城的守将刘超叛乱，请求吴甡立刻调兵平乱。
永城属在河南省地界，在归徳府东南，与凤阳府的交界处，刘超的叛乱，将直接危胁到凤阳府的安危。凤阳府不仅是南京北面的门户，大明的中都，而且是老朱家的老家，可是明朝的龙兴之地，这里不仅有朱元璋父母的皇陵，还有朱元璋少年出身当和尚时的龙兴寺，对大明朝有十分特殊的意义。
在崇祯八年（1635年），凤阳就被农民军攻破过，当时整个凤阳城都被焚之一炉，农民军还将朱元璋父母的皇陵毁坏。结果不仅是凤阳巡抚杨一鹏、巡按吴振缨、守陵太监杨泽等大小官员共一十七人被杀，还累得崇祯下诏罪己。
这可都是前车之鉴，因此吴甡可不敢怠慢，立刻命黄得功带本部人马，立刻渡江，归马士英统领，平定永城之叛，同时又命刘良佐率军进驻河南真阳，保护黄得功的侧翼。但这一番安排也使吴甡手下的兵马减少大半，只能命马科率一万人马进驻广徳府，抵挡叛军的进攻，其余的人马守卫南京，再也无力去救援苏州了。因此也只能催促商毅快到南京。
虽然史可法建议，是否调先左良玉军来保卫南京，但被吴甡断然拒绝，一来是左良玉靠不住，二来他也清楚商毅和左良玉之间的过节，两人再弄到一块，万一又打起了怎么办呢？同时吴甡也坚信，只要商毅的人马一到，平定叛乱就易如反掌了。那怕暂时丢了苏州也不用怕。
史可法没有督师湖广的战斗，对吴甡这么看重商毅颇有些不以为然，但论公吴甡是督师南直隶，而史可法只是南京兵部尚书，从理论上来说，商毅、左良玉、黄得功、刘良佐、马科都受吴甡的节制，史可法管不着，而论私，吴甡比史可法大，过去还是史可法的上司，因此史可法也只能听之任之。
本来商毅是打算跟着船只缓缓而行，接到吴甡的催檄之后，也只好加快进度，因为想在浙江立足，在一开始还是要得到吴甡的支持，而且在浙江的局面也确实很紧了。于是商毅命令周少桓和罗远斌两人守护着船队，继续慢行，自己带着三团和骑军营放弃辎重，率先赶到南京，去给吴甡壮胆。并且又命段鹏带一个侦察连，立刻改扮为平民样子，潜入浙江内部去打探消息。
分配之后，商毅带着成进、成钢、杨武丞等人出发，一路急赶，于九月十三日到达南京。
南京古称金陵，襟江带河，依山傍水，钟山龙蟠，石头虎踞，山川秀美，古迹众多，素有“六朝古都”之称，是一座历史名城，而且明朝的官话并不是后世的北京普通话，而是南京话。
由于职业习惯，在进城的时候，商毅留意观察一下南京的城防结构，南京城门素有内十三、外十八之说，内十三是指原来在城墙上依次所开的十三座城门，都与市内大街贯连，街道纵横交织，主次分明，井然有条。
但由于南京城墙依地势而建，位于东郊的皇宫紫禁城就离钟山太近，于军事防守十分不利，因为弥补和加强南京京城防卫，在洪武二十三年（1390年），朱元璋又下令利用应天府城外围黄土丘陵，建造60多公里长外围土城，这座外城呈菱形，西边外郭城垣未合围，留下南北两豁口分别延伸至长江边。共计又开出十八个城门，此即为一般所说南京“外城门十八”。不过在商毅穿越之前的那个时空里，南京的这座外城早已被毁，但人们仍然使用这些城门名称来作为当地的地名。
南京城是依水而建的，只有东南两面为陆地，北有玄武湖，西有秦淮河，都可做南京的屏障，而且在南京的地外，除四周山川的天然屏障外，还修建了六座卫城。又经历数代的修健之后，防御结构设计得很合理。整座城市还分为内城、外城两部分，一但外城失守，守军还可以退入内城，继续抵抗敌人的进攻。
外城有长墙围护，城墙高大，普遍都在四丈以上，十分坚固，外围城墙宽达五丈，可容多骑并排而驰，不仅可以放置床弩、投石器、火炮一类的大型城防武器，而且分为上下两层，守军在下层，弓弩手在上层。既使敌人攻上城墙，也可以由下层的守将迎战，弓箭手可以在上层从容利用城墙上的掩护，与敌军周旋。而城楼更加宏大，高达六丈，可以府视全城，一览无余。用固若金汤来形容，一点也不为过。
不过商毅也知道，无论是在明清，还是近代的历史上，南京依托坚城防守成功的例子并不多，甚致几乎可以说是没有，无论是南明、太平天国，还有国民政府，其实都没有守住南京，因为当敌军攻到南京城下的时候，基本上都以经大势以去了，可见城防的强弱，并不是战争的决定性因素。
商毅的人马是从南京内城南面的通济门进城，吴甡和史可法以经城内的通济门大街和崇楼街的交汇处等候他的到来。
见了他们，商毅照例要首先施礼，吴甡到是十分激动，赶忙上前几步，拉着商毅道：“以恒，你终于来了。”
商毅道：“督臣，卑职来得晚了，还请督臣见谅。”
吴甡呵呵笑道：“不晚，不晚，你来了就好。”
这时史可法也过来，两人也算有过一面之交，因此客气了几句，吴甡笑道：“好了，以恒，为你准备的接风宴都安排好了，就在秦淮河畔的醉杏楼上，你先去安顿人马，梳洗一下，然后入席吧。”
商毅也不禁怔了一怔，心里想着，吴甡一封信一封信的催着自己快到南京来，简直就像是火烧眉毛一样，现在自己总算是赶到了南京，怎么又不急了，还有心情为自己准备接风宴。他当然不知道，自己率军一到，吴甡顿时就觉得心里有底，因此整个人也轻松多了，同时也想借这个机会，向商毅示好，把商毅拉陇到自己的阵营来，这样自己有商毅在前面冲铎陷阵，平乱的事情就好办多了，日后自己回朝，也有很多地方还要依靠商殸。
虽然商毅不知道吴甡的这些想，不过既然吴甡都不急，自己还急什么，既来之则安之，而且“秦淮河畔”这四个字对他来说还是有相当大的吸引力，因为在过去早就听说过秦淮河的大名，今天到是可以见识一下这大明时代的天上人间是什么样子了。
当下史可法首先告辞，商毅随着吴甡，将人马带到军营中安置下，然后又摘盔御甲，换了上了长衫软帽，不过商毅还是在长衫里穿着他的防弹衣，带着护臂、护腿，军刀、双截棍、手枪等防身物品一应俱全。这到并不是说有什么防范，而是他一直保持的良好习惯。随后商毅又带了段鹏等八名随员，吴甡坐桥，商毅骑马，向秦淮河走去。
南京以富庶的江南为依托，表现出和北京完全不同的繁华景色。这时虽然是天色将晚，但南京城的大街两侧却是灯火通明、人群熙来攘往，青楼酒肆林立、隐传燕语莺声，显是有美偕行，春色暗藏。显得十分繁华热闹。其实这还是在浙江发生叛乱，和正常时候相比，只有六七成风貌。