但到了这个时侯，商毅也意识到，秦淮河防线己经守不住了，反正秦淮河也不是南京重点布防的地方，因此现在也是该撤退的时候了。
不过撤退也不是搬起武器，转身就走的，商毅首先下令，首先给各路进攻清军一阵猛烈的进攻，将所有的火炮、管风琴枪全部都打光，同时还向秦淮河南岸发射了三十多个霹雳火箭发射箱，这一阵猛烈的打去，果然又把清军的进攻给打了回去，而且霹雳火箭落到秦淮河南岸爆炸之后，引起了多处的建筑着火，也使清军纷纷后退，同时也户生了大量的硝烟，而在这个时候，商毅才下令后退。
首先是由防守河岸的守军先退，然后才是守卫桥头的士兵，依次而行，丝毫也不乱。同时商毅也下令到御河防线的段鹏，让他也立刻撤退。
不过在聚宝门上观战的阿济格却看得十分清楚，并且很快也己经发现了商家军的意图，因此立刻下令各路清军，赶快追击商家军，再可不能给他们从容布置阵线防守了。力争一鼓作气，将商家军彻底的击败，全面占领南京城。同时阿济格的心里，也着实的松了一口气，攻破了秦淮河防线，可真不容易啊。
阿济格的命令虽然传下去了，但因为其他战线的远近不同，最先接到命令的，自然还是进攻定淮桥的部队。因此接到命令的清军也不敢怠慢，尽管硝烟弥漫，看不清对岸的情况，但还是举起兵器，又冲杀到了秦淮河边，当然冲锋的有火铳兵，也有其他的士兵。
等冲上了镇淮桥头之后，清军果然没有发现商家军开枪射击，而且这时雾烟也薄了一些，可以看见守卫桥头的商家军士兵已经转身向南京的城区深处逃走了。而在北岸的挢头上，只留下先前用家具建立起来的防守工事，再也没有守军了。
见商家军真的放弃了镇淮桥头，这一下清军们顿时都来了精神，一个个脚步加紧，迅速的冲过了镇淮桥，这些简易的防守工事当然是不可能挡住清军，被清军刀枪齐上，手推脚踢，不一会儿时功夫就全部给推倒了。
而在聚宝门上观战的阿济格的睑上，也终于露出了一丝笑意。
第三卷 离乱篇 第二三九章 南京的新格局（上）
“轰！”
就在清军冲开了商家军建立的防守工事，正要向南京城里追击商家军的时候，一股巨烈的爆炸发生了，而在附近是几十名清军几乎无一幸免，全都是不死即伤。有几名清兵甚致被炸飞了出去。
这个突发事件也令清军大为震惊，立刻都退回到秦淮河的南岸，不敢再上前，就连在聚宝门上观战的阿济格也吓了一跳，不明白是发生了什么事情。
原来在商家军撤退的时候，在防守工事的椅子上绑了几颗地雷，而引线绑在其他家具上，清军在推开这些家具的时候，绊动了引线，自然就引发了爆炸。幸好是镇淮桥的质量不错，而且又是在桥头爆炸，居然还没有被炸塌。
又过了好一会儿，硝烟渐渐散尽，在秦淮河的北岸，己经看不见商家军的踪影了，而建立的防守工事，也早已被炸得面目全非。清军这才又一次小心翼翼的走了镇淮桥，然后又蹑手蹑脚的穿过其实已是废墟的防守工事，什么都不敢再碰一下。
这一次总算是一切正常，再也没有发生爆炸。有胆大的清兵还把炸烂了的家俱踢了几脚，也没有任何的反应，这样其他的清军才算是完全放心，于是都陆续的冲过了镇淮桥。只不过这时的商家军，早己消失在南京中心城区的房屋之中，只有在聚宝门上的阿济格，才能隐约看见，在远外的街巷深处，有人影在穿插跑动。
阿济格也不由苦笑，看来商家军确实不好对付。想要完全占领南京，看来也不容易。
类似的事情，在秦淮河防线的其地方，都发生过，侠清军也无法趁着商家军撤退的时候，给予追击。同时现在清军的伤亡不小，从昨天晚上一直到现在，清军己经连续征战了六七个时辰，体力也消耗的差不多了，而且毕竟是从十几个地方同时发动进攻，兵力分得太散，也发生了一些混乱，也需要一定的时间来调整，如何进攻南京城区，也需要好好的计划一番。另外还不知道另一条战线的情况怎么样了。
阿济格的脾气虽然爆燥，但也不是不懂兵法的人，因此下令各部人马都暂时停下来修整，同时命人到皇宫那一边，去询韩岱，看他那一边的进展如何。
不过还不等阿济格派人过去，韩岱就己经派人来向阿济格报告，守卫御河防线的商家军也撤退了，现在清军己已全面占领了御河西岸，同时请阿济格到皇宫去，查点接收缴获的物品，并处理明朝投降官员。同时也是商议一下，下一步进军的计划。
原来商家军守卫御河的战斗远比守卫秦淮河要轻松得多，一方面是因为这里的战线比秦淮河更短，而且清军近要分派一部兵力守卫皇宫，再加上又没有火器部队，因此对商家军严密的防守根本就没有办想，只能冲上去送死。后来韩岱索性也不再拼命进攻，只是牵制住守卫御河的商家军也就行了。只等着阿济格那一边先取得突破，毕竟火器部队都集中在南城。
不过到了下午，守卫御河的商家军却主动撤退了，韩岱也知道，一定是阿济格那边攻破了秦淮河，因此一面调动军队，占领御河西岸的各个要路口，一面也派人去给阿济格送信。
接到了韩岱的报告之后，阿济格想了一想，也觉得有道理，于是也命韩岱付责南京南城的指挥，并且守住秦淮河北岸的各个要路，然后在原地暂时休息，查点损失，并等侯命令，自己则立刻赶去皇宫，处理其他的事情。
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商毅真正准备的南京城内的防线，是依托珍珠河和玉带河这两河建立，北面连结着玄武湖，西面到达石城门。基本控制着南京的西北地区。同时在这几天的时间里，也在这条防线上建造了完整的防御工事，这可不是在秦淮河防线上那种用家具临时拼凑起来的简单工事，而是按商家军的一惯标准，用土砂袋和木栅建成。在每座桥上还设有拒马和刀车。同时在这里还布置了二十门重型三寸六分口径青铜野战炮。
不过商毅率军从秦淮河防线撤退之后，并没有直接退守到这条防线以后，因为南京中部城区的广大地区也不能这么白白放弃，还是应该层层布防，逐步后退，不断给清军造成打击，让清军每前进一步，都要付出极大的伤亡代价，这才是在南京城市内作战的最终目地。清军停下了进攻，对商家军来说，也同样是一个喘息的机会，因为商家军这时同样激战了一夜，士兵们都己疲惫不堪了。
现在商家军在南京地内己经聚集了两个旅一个团的兵力，而在城外，还有两个团依托着莫愁湖，驻守石城门，因此商毅首先和段鹏碰头，清查兵力，昨晚一战中，商家军总共战死了六百二十七人，受伤四百一十八人，伤亡并不算大，对战斗力并没有什么影响。
最后商毅决定把第六旅撤回到防线以后，休整防守，而留下特种兵旅，在中部城区驻守。因为在这里驻守的目地也不是要守住中部城区，而是利用中部城区的巷街密集如网的特点，不断的打击、侵扰清军，并且对清军造成杀伤。因此也不用留下太多的兵力。
分派完毕之后，商毅带着第六旅回到了建立好的防线以后，让杨武丞安排布置防线上的驻守事情，而自已回到了钟鼓楼，这个预先设定的南京城内的指挥中心。
这时史可法和吴甡都在这里等着商毅，两人也是一夜没睡，这时到钟鼓楼集中的其他官员己经有二三十人，都是随后陆继赶来的，比较重要的官员有姜日广、高弘图等人，不过昨天晚上发生了这样大的事情，众人也都是无心睡觉，坐在一起长叹短叹。
一见商毅回来，史可法和吴甡立刻迎了上去，问道：“以恒，战事进行的怎么样了？”
商毅也将战斗的进程向两人说了一遍，两人听也稍稍有些安心。看来商家军还是能够在南京坚守一阵。史可法又道：“以恒，昨晚我和鹿友也商议过了，南京虽被攻破，但尚未全落于清虏之手，而且南方尚有地方万里，也未必不可为，只是如今皇上架崩，大明无主，当务之急，是马上推立新君？”
商毅点了点头，他知道在另一时空里，南明的弘光朝廷灭亡之后，先后有不下十个朱氏的后裔被推立出来，或称帝、或监国，继续抵抗清军，其中以鲁王、唐王、桂王比较出名。因此也点了点头，道：“阁老所言有理，只是阁老属意何人？”
史可法和吴甡互相看了一眼，吴甡道：“我们以为潞王可以为君。”
潞王名叫朱常淓，在朱由崧继位之前，是东林党属意的拥立对像。在另一时空里，弘光政权覆灭后，他曾在杭州被明朝大臣推为监国。但没坐稳几天位置，就被清军攻至杭州，立马就投降了。然后被押解至北京。第二年五月，被杀于北京。因为他出头的时间太短，没有什么鲁王、唐王、桂王出名。因此做为东林一系的史可法和吴甡，在朱由崧死后，首先就想到拥立潞王为帝。
当然对商毅来说，立谁都没关纟，因此也道：“拥立大事，不是在下所能言，就由两位阁老做主吧，但不知潞王现在何处？”
史可法和吴甡见商毅没有反对，也松了一口气，史可法道：“就安置在徽州。”
吴甡道：“国不可一日无君，而且迟则生变，我和宪之商议，打算马上就离南京，赶往徽州，去迎请潞王到杭州继位为帝，然后号招整个南方，同共抵抗清军。”
商毅又点了点头，如果把潞王接到杭州，就等于是控制在自己的手心里，那么正好也可以玩一把挟天子以令诸侯，这样也不错，于是道：“两位阁老所言极是，只是现在南京城外都被清军封锁，只有水路可通。我会马上安排船只，送你们离开南京，绕道浙江，到徽州去迎请潞王到杭州来。只是现在战事紧急，我在这里暂时也脱不开身，只能有劳两位阁老了。”
史可法忙道：“南京的战事要紧，以恒不必为他事分心，这些事情就由我们来做吧。”
这时进攻龙山船厂的舰队已经归来，商毅立刻让黄震安排，把毎一条船上的作战士兵都留下来，做为守卫南京的预备军，同然后请史可法、吴甡等官员带着朱由崧的灵柩上船，离开南京。另外现在在南京城的西北地区，还聚集着十几万百姓，因为现在南京己经成为战场，百姓们也不敢在这里停留，因此商毅也打算把他们都送到浙江去安居。跟着史可法、吴甡等官员一起运走的，是第一批南京的百姓。
第三卷 离乱篇 第二四零章 南京的新格局（下）
虽然现在清军实际控制南京的地区只有三成左右，但最重要的东城却被清军占领，这里包括皇城、六部、九寺、五军留守司、内府储厍等等重要的机构，还有大部官员的住所。因此阿济格一来到皇宫，就立刻下令，招集南京的所有降官，以及宫中的太监人等来见。
在除夕之变发生以后，因为在从皇宫里逃出来的官员大部官员都住在东城，因此都没来得及逃走，就被清军封锁了东城，结果逃到钟鼓楼去的，只有二十几名官员。
其实众官员从皇宫逃出之后，清军还忙着全面占领皇城，一时并没有顾及到六部九寺，绝大数的官员，其实都还来得及出逃西北区去，但南京被攻破，皇城被占领，大部份的官员都对守住南京失去了信心，同时也认为南明己经灭亡，就算商毅再抵抗下去，也是不自量力之举，挽回不了大局了。因此众官员和商家军分兵之后，以忻城伯赵之龙、保国公朱国弼两人为首，并没有让其他人立刻回家搬请家属，而是聚集众官员一起商议，投降清军，保全自已和家属的性命安全。
这个建议也立刻得到了魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、左都御史李沾等几名重要官员的极力赞礼同向清军投降，于是众人就聚集在户部府里，由赵之龙和朱国弼两人为代表，进皇城去与清军接洽投降事宜。当然也有不少官员害怕清军，躲回到自已的府里。
韩岱闻迅之后，也没有表示接纳与否，只说自己要请示英亲王阿济格，才能决定，不过却要求各官员不得妄自行动，并且准备好各种户籍、文案、府库等等名册清军，然后听候指令。
众官员听了之后，心里也都稍稍有些安心，虽然还没有见到阿济格，但屯齐的态度还算不错，至少也算是一个好的开始，因此也各回各自的衙门，招集各衙门其他官员也在报道聚集，大家一起清点人员文件、府库的物资，只等着阿济格的招见。同时又命清军把六部九寺十三衙门全都看守起来。
但打从众官员开始忙碌起，南京城中的枪炮爆炸声音就一直响个不停，显然是商家军还在与清军激战。而众官员的表情也不尽相同，有人面带冷笑，不时还说几句什么不自量力、螳臂当车之类的话；也有人面带羞愧，不住的哀声叹气；还有人面无表情，对外界的反应一概无视，装没听见。
只有户部郎中刘成治听说众臣齐降的消息，慨然道：“国家养士三百年，难道就无一忠义之人以报朝廷？”然后持笔题壁：“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳。”掷笔于地，然后自缢殉国。
在南京之战开始之前，被罢职的东林众人中，黄宗羲、黄震周、方以智、陈贞慧、冒避疆等年轻一些的人员都先后离开南京，但候恂、钱谦益等老官僚不甘心就此沉寂下去，还留在南京等待时机。