这个罪名当然不小，苏州府里也不敢怠慢，立刻派人到顾炎武家里搜查，而且这两年顾炎武确实在广西、广东、福建一带活动，并还做过几天小官，回来的时候也带了不少书信，结果苏州府一查，把这些书信全都查了出来，而且顾炎武也确实是从广西回来，又有家仆指证，这下人证、物证都齐了，于是马上将顾炎武抓了起来。
顾炎武被抓之后，家人亲友也都急忙想办法营救，其实现在的司法部门真得还很守规据，到不敢胡来，但顾炎武的案子是私通南明，十分敏感，因此到也很难周旋。
就这样顾家的亲友走托人情，找到了黄宗羲那里。现在的黄宗羲和顾炎武并没有什么深交，不过互相认识，也很佩服对方的学问，但他也知道顾炎武的案子可大可小，但涉及政治层面，并不好走通，王夫之、李岩都不好出面，除非是商毅一句话。但他自知自已和商毅乜没有什么交情，于是只好拉上和商毅关系最好的吴甡，一起来请见商毅。为顾炎武说项。而这时顾炎武入狱己有一个多月了。
听黄宗羲说完了整个事情的前因后果之后，商毅也基本弄明白是怎么一回事。严格来说，苏州府的做法并不算错，毕竟顾炎武也确实有值得怀疑的地方，而且在这种非常时期，也不得不将怀疑面扩大一些。争夺天下不是请客吃饭，大家和和气气，而是地地道道的暴力手段，说得难听一点，不是你死就是我活。而且自己己经算是非常克制了，而且还一直告诫安全部，不能毫无理由的胡乱抓人、动刑，如果是在明朝的锦衣卫，估计现在监狱都不够用了。毕竟和南明朝廷有些联系的人确实太多了。
顾炎武的案子当然是可以当做特案来办，但不能把顾炎武案当一个标准，因而在以后就放松了警惕，因此商毅首先向黄宗羲保证，自己一定会详查顾炎武案，同时又把成立参政院的计划告诉吴甡和黄宗羲，并请他们转告给史可法等人，希望他们能够考虑接受邀请。
其实顾炎武的案子并不复杂，就看性质怎么定了，因为现在所有的证据都只能说明顾炎武和南明之间曾经有关系，但不能说顾炎武和南明有勾结或是南明派来的奸细。毕竟现在和南明之间有一些关系的人，确实太多了，不可能全都抓起来。
在商毅给顾炎武案定性之后，其他的事情也就都可以迎刃而解了，因此整个案子的前因后虽也很快就都查清楚了，顾炎武并不是南明派来的奸细，而是由于叶方恒为了赖掉顾家抵押田产的剩余费用，支使家仆陆通诬告顾炎武。
在半个月之后结案，顾炎武也被得以无罪释放，但从广西回来，并未及时通知苏州政府备案，也有其不对之处，但己经入犾一个半月，也就不予追究；陆通以奴诬旧主，被判以入狱十年，发配流球去充做苦役；而叶方恒为了赖帐，支使家奴诬告好人，被罚入狱监押三个月，除将顾家的欠款立刻还清之外，另罚白银三千两。
从结果来看，陆通最冤，因为他是受叶方恒的指使干事，也是身不由己，但按大明例律，他的罪确实最重，因为他是家仆世奴的身份。家仆世奴和佃户差不多，也就是为了逃避税役，而投充到大缙绅地主家下挂名为奴仆，但本身还是自由农民，也可能会有自己的田地，不过需要对主家承担一定的义务。而且这个身份也可以在缙绅地主进行转让。
现在商毅还没有制定自己的法律，因此只能依大明例律判决，而结果也就是这样，要觉得冤也没办法。
同时商毅又下令各地，毎是曾在南眀政府任职、或有来往联络书信等物，限期三个月，到当地政府上交备案，可以既往不咎，但如有隐藏不报，或拒不上交者，一经察出，必将严惩。
第四卷 纵横篇 第二一八章 另一位宗师（下）
虽然坐了一个半月的牢，但案子这样了结了，顾炎武其实也非常满意，毕竟大明例律就是这样定的，而且叶家的欠款也终于要回来，叶方恒也受到了惩罚，这样的结果就算不错了。
当然顾炎武现在也知道，能够得到这样的结果，完全是因为商毅将自己的案子先定好性，后来才一切迎刃而解。因此在出狱之后，也赶到了南京，想让黄宗羲引见，当面像商毅表示感谢。
而商毅己经见过了这三大宗师中的两位，当然不会错过这最后一位，也和王夫之一起，接见了顾炎武和黄宗羲。这也是明末三大宗师的第一次聚集。当然现在他们三人虽然都己经以学术而名扬天下，但还没有达到宗师级的高度，毕竟三个人的年纪都还不大，最年长的黄宗羲也不过才三十九岁、最年轻的王夫之只有二十九岁，顾炎武正好居中，三十五岁。在另一时空里，三人都是到了晚年之后，才集学术大成。
见面之后，商毅首先向顾炎武表示了歉意，认为是苏州府处理事情不当，才使顾炎武经受了一个半月的牢狱之灾。而自己身为靖北王，也有失职之过，当然这只是一种表示姿态。不过也让顾炎武颇有些感动，尽管他也知道，商毅是在故作姿态，但能做出这种姿态，也相当难得了，因此也对商毅再三致谢。
双方都客气了几句之后，商毅才道：“我对亭林先生的学识素来崇敬，不知这这次亭林先生返回乡里，还有何打算呢？”
顾炎武苦笑了一声，道：“炎武己是前朝遗民，又还能有什么打算，不过是终老乡里、埋头治学，然后教徒授业，最后老死林泉之下，也就足矣了。”
商毅也笑道：“亭林先生不是说过，‘天下兴亡，匹夫有责’，又言‘有亡国，有亡天下’如今明朝虽已亡，但天下尚在，‘保国者，其君臣肉食者谋之。保天下者，匹夫之贱，与有责焉耳矣’。亭林先生难到不是与有责焉耳矣吗？”
听到商毅引用自巳的话，顾炎武心里多少也有些得意，但依然道：“话虽如此，但炎武不过一介书生，手无缚鸡之力，又能有何用。而王爷以一已之力，两挫清虏南侵之举，如今坐拥六省之地，沃野千里、带甲百万，有长江之险，海滨之利。以王爷之雄才大略，必能北伐中原、收复失地、驱逐鞑虏、恢复中华。因此只要是有王爷在，我汉族天下，也就不会有灭亡之险。”
商毅还没有说话，一边的王夫之己笑道：“亭林先生，驱逐鞑虏、恢复中华易，但要做到四民平等、以天下为公，却是难事，以亭林先生之材，又岂能没有用武之地呢？”
商毅也点了点头，道：“不错，如果说击败清廷、恢复汉族天下，我至少有七八成把握，但击败清廷之后，我们还要建立一个富强、开明、公正的国家，马上可以得天下，但不能治天下，因此任重而道远，还需要亭林先生，”又看了黄宗羲一眼，“还有南雷先生等人相助，才能实现这个目标。难道说亭林先生只为守前朝遗民之节，而至天下于不顾吗？”
顾炎武沉吟了片刻，才看着商毅，道：“王爷要成立参政院的事情，太冲兄都己经告之于我，如果王爷不弃，炎武愿意自荐议员。”
商毅也笑了，这本来也他的目地，把顾炎武也拉进参政院来，而顾炎武到是比黄宗羲干脆，不等自己邀请，就直接自荐了。
黄宗羲虽然在明朝的官职不高，但却是出身东林正统，属于标准的根红苗正，因此正统观念要强得多。顾炎武只进入过复社，而且从小就研究经世致用之学，连个举人都没考上，自然也没当上什么官，一直到弘光朝廷成立之后，才由人推荐，出任兵部司务，一个七品小官，后来因嗣母病故，没当几个月就回家奔丧了。
不过在南京城破之后，顾炎武还保持着明室的正统，因此并没留在浙江投靠商毅，而是也退到南方，先在隆武朝中出任兵部职方司主事；隆武朝廷灭亡之后，顾炎武在福建、广东、广西等地来回奔走，一面结交朋友，一面寻找复国的时机，在绍武、永历朝廷中都有过短暂的为官经历。但顾炎武很快就发现，三个南明朝廷都担不起复国的重任，因此也十分失望。
而这时商毅倔起，收复南京、大败清军，抢占了长江两岸的六省之地，大有一举收复北方失地之势。而且顾炎武的老家苏州昆山县，也正在商毅的统治之内，因此顾炎武在失望之于，也决定回到老家安居，顺更也看一看商毅到底是一个怎么样的人，因为在南方提起商毅，都说他是篡国夺位之贼。但尽管商毅不是正统，毕竟还是汉族人，只是顾炎武也没有想到，回来之后，会摊上这一场官司。
但顾炎武回到昆山县的时间虽然不长，但也明显的感觉得到，这里和三个南眀朝廷有明显的不同，充满了勃勃的生机和新兴气氛。通过和亲友的交谈，以及阅读报纸，顾炎武也知道了商毅的施政，和自已的政治主张有不少相似之处，而在出狱之后，顾炎武来到南京，又知道商毅成立了一个参政院，用于扩大民间参政议政、监督政府施政的目地。而黄宗羲等人也经过商议之后，决定接受商毅的邀请，进入参政院当议员。
黄宗羲、顾炎武、王夫之三个人能被并称为明末三大宗师，不仅是因为其学术成就巨大，而且在经历、政治观点、思想上都有相同的地方。
从经历上看，在明清战争期间，三个人其实参与得都不多，黄宗羲、顾炎武都在弘光朝廷灭亡之后，基本退出了这场战争，王夫之有在永历朝短暂的任职时间，但很快也罢了官，然后就再没有任何抗清的实质行动。虽然后世有一些学者认为顾炎武可能从事过一些秘密的反清复明工作，但这种说法缺少史料证据。
可以说和张煌言、李定国、郑成功这些一直坚持抗清到最后的人相比，这三个人都是很早就放弃了复国的希望，也可能是因为他们早就看穿了南明根本成不了成候，并没有知其不可为而为之的勇气，不过这三人终生都没有在清廷为官，也算是保持了前朝遗民的气节。但另一方面也说明，他们其实都没有为明朝殉死的想法。
当然正因为他们三人都早早退出了抗清的战斗，埋头治学，也才使他们在清廷的统治稳固之后，并没有遭到清廷的迫害，都活得很长，因此也有足够的时间来从事学术研究，最终成就了一代学术宗师的地位。从这个意义上说，三个人都没有为明朝殉死，也是中国的幸运，否则多了三个死节的忠烈，但少了三个学术宗师，未必就是好事。
从思想上看，三个人都主张四民平等、发展工商业、并肯定私有产财，这方面顾炎武做得最突出，因为在另一时空里，顾炎武曾经化名蒋山俑经商，主要是做布匹和药材生意，居说还做得不错，赚了不少钱，在1668年，顾炎武游历山东时，曾借给别人一笔用一千亩地来作抵押的钱，虽然不知这笔钱的俱体数额，但肯定不少，数千两白银是有的。因此在顾炎武中年以后可以不事营生，到处行走，还有仆从相随，晚年埋头治学、刊印出书。这都是需要一个比较坚实的经济基础才能做到的。
而政治上，对皇帝专权都提出一定的质疑，这一定在黄宗羲的《明夷待访录》中，表现得最为激烈。并且主张形成一种新的君臣平等关系，反对皇帝一人独治，而是由皇帝和官员一起来众治国家。尽管受时代的局限，三个人的政治思想都并未能逾越封建的藩篱，直接否定君权，但反对独治，主张众治这个思路无疑是正确的。
另外在学术上，三个人都主张学问务实，经世济用，而反对空谈性命道学。
尽管这些思想还没有脱离传统的束缚，从根本上来说，还是在维护传统社会的政治体系，虽然主张君主开明，加强君臣平等，但只是寄希望于明君自觉执行，而不是靠制度来维护，甚致都出现一些错误的地方，比如黄宗羲为了减轻农民的负担，主张减少赋税，但并没能提出减少的赋税部份，如何弥补。但不可否认的是和前代相比，确实己经有了不小的进步。绝大多数的主张方向，还是正确实的。而且三人的思想并非受西方文明的影响，而是基本从中国传统文化中发展出来的，因而也更加可贵。如果能够按照这个方面发展下去，也未必不能取得突破。
而商毅的许多施政措施，其实都符合他们的这些思想主张，也包括现在成立的参政院，黄宗羲就有过类似的主张，只不过他将这项功能交给学校来完成。因此顾炎武并没有多做太多的思考，也就立刻同意，加入参政院。
第四卷 纵横篇 第二一九章 工业基础
清顺治五年（1648年）三月，南京参政院正式成立，各省推举三十人，南京十五人，自荐的有二十三人，而受邀请的有十七人，共计二百三十五人，第一任议长由黄宗羲出任，吴甡、史可法、顾炎武等人都被选为第一任执委。
在参政院成立的同时，南京政府又做出了一些新的措施，主要是有三项大型工程项目上马。
首先是商毅下令，在南京附近，修建第二座兵工厂。
在商家军正式更名中华军，分成两个军部，五个大军区，军队的人数也扩充了三成左右，而且前期的部队使用的各种兵器，也有近一半需要进行更新，而目前南京政府一共有两座兵工厂，一座在杭州，一座在山东。山东兵工厂只能供应山东战区的武器，其余的四个战区，包括海军部的武器，全部都由杭州兵工厂制造供应，但现在的生产速度，己经明显跟不上军队的扩张了。
另外海军部现在也己经完全成为一支独立的作战力量，还拥有两个海外基地，并且还在近一步的扩张，造船的迅速也在加快中，而海军使用的枪炮武器，和陆军也有一定的差异，一般来说，由于船上的空间有限，舰炮的长度最大不能超过两点五米，而且火枪也是尽量以短小为主，因此海军的武器，也有必须和陆军区分开。
因此再建第二座兵工厂，也是迫在眉睫的事情。而且新的兵工厂的选址己经确定好了，就在南京城东北约十五里的八挂洲上。
八挂洲是长江下游的一个江洲，面积约为五十平方公里，大体呈一个扇形，仅次于崇明岛和扬中岛，是长江中的第三大江洲。而且目前还没有人在洲上定居，因为八挂洲是一个江心岛，可以保证安全和隐密，同时又可以利用长江水道，运入铁矿物资，运出造好的武器成品，确实是一个建造兵工厂的理想地点。
为此商毅也专程将兵工厂的厂长孙和鼎从杭州请到南京来，商议在八挂洲上建新兵工厂的事情。
按照商毅的计划，这个兵工厂的规模，应该是杭州兵工厂的三倍以上。当然杭州兵工厂一共花了两年多的时间才全部建成，因此这个兵工厂商毅估计需要五到六年甚致是更长的时间，才能完全建成。也许等到了那个时候，己经完全击败了清廷，但这个兵工厂同样可以用来供应整个南方驻守军队的武器。而杭州的兵工厂将逐渐转型，慢慢改为主要生产海军的武器，使陆军、海军的武器更加支业，也更符合各自的特点。
现在孙和鼎虽然还只是杭州兵工厂的厂长，但在行政级别上，挂了一个工业部副部长的官职，大约才相当于明朝的工部待郎，职位可不小，当然实际还是在管理兵工厂的运营工作，孙和鼎对现在的况态也非常满意，根据商攲提供的图纸和思路，又制造出几种新式的武器，这次也都带到了南京。
不过首先当然还是新兵工厂的事情，孙和鼎对此也十分支持，因为这个兵工厂的规模更大，成就感也更高，因此在和商毅进行了一番简单的勾通之后，孙和鼎也马上亲自赶到人挂岛，去甚测地形，构思建厂的方案等等。
第二个项目，则是和兵工厂紧密相关，就是造船厂。商毅打算重新恢复龙山船厂。