联合机构因此软禁了苏菲。
苏菲倒是随遇而安，除了自由受限以及被涅墨亚随身监视，生活待遇老实说还不错，便想趁机在此开启她的新研究。
她也想调查更多自己的事。
首先，在第一个世界线，借用阿勒克托身体醒来的她，如今看来类似硬体里执行的应用程式，属于初始版本，使用终端机连网后，便自动更新了版本。
根据逻辑推理，应该是有人将她的脑机实验资料上传到矩阵网路。
还特地跨越两个时间线，设置了更新档案……
做出这件事情的人，会不会就是消失无踪的阿勒克托？
究竟为什么要这么做？
既然矩阵网路储存了苏菲四年记忆，代表它跟这些谜团有着千丝万缕的关系，或许，答案就藏在里面？
她得连上矩阵网路，搜寻里面的秘密。
但矩阵网路被机械生物占领，随意使用终端机，惟恐又会引发克拉尔兄妹的惨剧……
苏菲决定，先确保能够安全入侵矩阵网路吧。
她寻问管理员能否提供亥勃德人的设备，然后获得这个世界线的通用电脑——跟她习惯的光板很像，相当容易操作。
然而光板与机构主电脑连线，苏菲运算的结果都会同步传给主脑，她并不想给机构知道自己实际在做什么——
于是苏菲将计划的内容拆开，分成许多不同的项目，外人看起来只是普通的演算模型，唯她晓得如何提取关键字串，届时重组起来手动输入到终端机就好。
接着苏菲一头沉浸到研究里，此时的她还不晓得，巨大的危机正在逼近，即将把这个世界弄得天翻地覆。