为防俄军在朝鲜和辽东半岛沿岸登陆，清军作如下部署：聂士成部1.2万人在鸭绿江右岸部署防御阵地，聂士成吸收上次日军攻破鸭绿江之战术的教训，悉心整顿军务，务求不再重演。
珲春图们江畔，吉林将军长顺调八旗、绿营共45营，合三万余人驻屯珲春、图门一线，严防死守。甲午战争期间，日军主攻盛京，战场未波及吉林，那时长顺或许还敢消极怠工，但这次不同。俄军可能进攻长顺的防区，为了不被朝廷怪罪，长顺有守土之责不可懈怠，因此他下达严令，丢了珲春所有诸将尽皆严惩不贷。
吉林省松花江南岸，北洋陆军第一镇和第二镇在哈勒金（哈尔滨）构筑防御工事，在对岸防守的是俄军“东满”支队，由扎苏利奇中将指挥，下辖阿穆尔第一师和滨江第二师。扎苏利奇拥有近三万人，70门大炮，占领呼兰周边阵地已经1个半月，但没有加强防御工事。部队分散配置在宽大的江北正面上，对清军可能进攻的方向胸中无数。只沿江构筑一道绵长的堑壕，并且几乎不加伪装。占总兵力约半数的预备队配置在10公里以外。炮兵阵地完全暴露，直接藐视对岸的清军。
扎苏利奇中将不认为清军敢于反击，这段时间以来，清政府一味的祈求谈判解决问题，清军被严令不得主动出战已经是公开的秘密了。同时，松花江是天然的屏障，上百米宽的江面藏不住任何一个目标。他认为如果清军敢渡江，将遭到重创。
王士珍等人经过商议，认为眼前唯一的优势就是俄国人不相信清军会主动反击。
“我们的计划是，第一镇秘密渡江。突袭俄军后方基地，摧毁俄军的粮食和弹药补给基地。同时接应第二镇渡江作战，两镇前后夹击俄军江防守军，务必要做到一击既胜，因为如果失败，第一镇将面临背水一战，有全军覆没的危险。”
龚元友作为工兵部队的主官，他首先选定渡江地点，说道：“我建议在松花江上游大牛甲村实施渡江，一是大牛甲村附近江面平稳，利于我军快速修建浮桥迅速过江。二是大牛甲村后山有路可以绕过俄军正面防御阵地，直接进入呼兰俄军的侧后方。”
杨荣泰指着地图分析道：“俄军炮舰每隔两个小时会经过那里一趟，恐怕来不及把士兵送过去。”
王士珍说道：“既然来不及，那就制造时间让他来得及。我们会把仅有三艘炮舰摆在下游一百里外的木兰，并派出一支部队在木兰佯装修筑工事，做出渡江架势，借以麻痹敌人。敌人会将巡逻炮舰调往木兰，这样你们就有时间架设浮桥渡江了。”
龚元友说道：“为了保险起见，我建议把第二镇的工兵营也交给我，两个工兵营一起搭建浮桥速度会快些。”
王士珍点头同意，又说道：“两个工兵营一起，两个小时内必须把浮桥架起来。两个小时后，姜桂题你率骑兵团过江后，先行冲击俄军后勤基地，一把火烧光他们的物资，让他们无法持续作战。”
“是！”姜桂题领命。
接着，王士珍将整个计划依次安排下去。第一镇除了辎重营参加渡江作战，第二镇骑兵团划归姜桂题指挥，也参加渡江作战。第二镇负责吸引正面的俄军火力，配合第一镇迂回突袭俄军后方。
一切准备就绪，就等待时机。而他们所策划的这一切，作为他们的上司的铁良却是一点都不知道。
第二天开始，王士珍派出第二镇一个营赶赴木兰镇附近一处比较隐蔽又适合渡江的位置开始准备渡江工作。两天后，俄军巡逻炮舰发现了这处隐蔽渡江点。俄国炮舰打算靠过来查看情况，但三艘清军江河炮舰对其实施拦截。双方于是对峙起来，剑拔弩张。虽然还在停战阶段，但是俄军炮舰欺负清军软弱立即开火，随后清军炮舰予以还击。
俄军率先开炮这是王士珍计划中的事情，因为两国目前处于停战阶段，先发制人需要有借口才行。而俄军炮舰率先开火攻击清军炮舰就是无视和谈，没有和谈的诚意，这使得清政府处于有利的外交地位。
双方爆发交火事件，消息很快传到了正在谈判当中的两国政府。清政府指责俄国无礼炮击清军，视为无视谈判的行为。而俄方则无礼的指责清军意图不轨，要求清政府解释在木兰构筑类似渡江设施的目的。
双方又开始吐口水，松花江北岸的俄军主帅扎苏利奇中将则调集炮舰严密监视木兰渡口方向，同时北岸兵力也相应的往木兰方向分兵。
就在俄军将注意力集中在下游木兰方向时，王士珍这边也开始了行动。
天公作美，6月30日从早上开始，天色便阴沉沉的。午后便淅淅沥沥的一直不停的下着雨，直到傍晚也没有丝毫停止的意思。
天阴，正好可以掩盖渡江行动，雨下的不大，却可以阻挡江对面俄军的视线，以及掩盖大军渡江的声音。
而俄军此刻依然判断清军在木兰方向的动作只是吓唬人，目的就是给谈判桌上增添筹码而已。扎苏利奇中将继续呆在呼兰县的县衙内，喝着他最喜爱伏特加。
当夜，王士珍下令松花江渡江战役正式开始。北洋陆军第一镇急行军开赴松花江上游大牛甲村，准备渡江。
在此之前，龚元友已经率领两个工兵营提前赶赴大牛甲村附近事先选好的渡江地点，并开始架设浮桥。
而在工兵架设浮桥之前，侦察营的战士们已经将俄军设置在附近的几个哨楼全部拔出。
晚上九点，四条浮桥架设完毕，第一镇开始渡江。
雨淅淅沥沥的下着，掩盖了大军过江的声音。
凌晨时分，第一镇官兵顺利完成渡江，而俄军对此依然是一无所知。
得知第一镇顺利过*****内的王士珍等人顿时松口气，暗讨清政府对俄国人卑躬屈膝并不是全无用处，至少现在让俄国人心生轻敌，反倒帮助了第一镇顺利完成渡江任务。
第一镇完成渡江后迅速绕过大牛甲村，从双口山南麓绕至呼兰西北方向，并在太阳庙一带集结。
由于下雨的缘故，第一镇炮兵团的54门大炮运输起来有些费时，有时候炮车轮子陷入泥泞当中走不动。段祺瑞恐耽误全军行动，挽起袖子亲自下去帮忙拉炮车。官兵们见主官都亲自动手了，觉得十分感动，纷纷使出吃奶劲来。终于，在全体官兵们的同心协力下，炮团的54门大炮安全的被带至集结点。
凌晨五点，第一镇各部进入预定位置，这时雨渐渐的停了。全军官兵迅速吃掉早餐干粮，检查武器弹药，做最后准备。与此同时，段祺瑞的炮团阵地也部署完毕。54门大炮按照攻击梯次有序的排列着。除了两个80炮连的炮口对准蔡家屯外，其他四个80炮连的炮口则对准了松北俄军大营，而三个150重榴弹炮连则将炮口对准了俄军的炮兵阵地。
按照计划，骑兵团1团和二旅二团负责攻击俄军补给站，骑兵二团和一旅、二旅一团，以及炮团负责攻击俄军呼兰防御阵地左翼的松北大营和夺取附近的江防阵地，接应第二镇渡江作战。
拂晓时分，是人最困的时候。此刻，俄军大部分官兵还都在睡梦当中，浑然不知道危险的临近。
炮团指挥所内，段祺瑞静静的看着远处的敌军阵地。雨停了，但似乎要起雾了。