分权的重要一步，就是外部建立更多正规实验室，招揽大量研究人员。
二十二年前，宫野夫妇加入组织。
但是。
宫纪抬头看向上方，金属严丝合缝地镶嵌，将所有人关在这个钢铁堡垒里，走出这里的人要经过繁琐的报备和彻底的检查，通过两道关卡，被堵住耳目带到组织可控的地方去——这么多年来，从不出错。
所以，母亲到底是怎么遇到父亲的?
“自从库拉索谈到宫警视和组织的渊源后，公安一直在暗地里调查宫警视的父母。”
这间会议室有且只有三个人，窗户大开着，风灌进来，撑起冷淡的窗帘。矢川明走进房间，从活页夹里抽取出一份数据，沿着会议桌滑向柯南和赤井秀一。
“为了不让组织发现端倪，我们的调查非常小心。相应地，进度也很慢，到现在才有了点头绪。”
柯南的下巴枕在赤井秀一的小臂上，看着赤井秀一手中翻过的文件，扬声问：“地下城？”
矢川明抑扬顿挫地叹了口气。
“宫纪的父亲是个考古学家，在车祸的前两年，他偶然和朋友谈到‘我好像发现了一座地下城’。这是原话，在这之后的一年里，他杳无踪迹。再一次回到人们的视野，就是那一场带走他生命的车祸。”
矢川明的指骨按着桌面，身体微微前倾：“isle俱乐部的中心也在一座神社的地下，你们觉得这是个巧合吗？”
“你们认为，宫纪父亲发现的那座地下城，就是组织的实验室？”柯南向后靠坐在沙发上，双手支在颌前，脑子里闪过无数猜测，“完全有可能……如果乌丸莲耶在四十多年前就和政商界名流有所勾结，以他们的财力完全有可能建立一座地下实验室。”
柯南想起那座由黄金所铸的，熠熠生辉的黄昏别馆，所有事关组织的关键线索在脑海里串联。
通过重新审视17年前的羽田案，他得到了关于乌丸莲耶的线索。在那起事件里，组织暗杀了阿曼达，让羽田浩司服用了a药。
23年前，宫纪的出生伴随着一个考古学家和科研者的死亡。
不对，考古学家的死亡？
血腥碎片和谜局在柯南脑子里奔袭而过，过去的探索和解密，一段段似真非真的故事轰然炸响，他的意识回到了黄昏别馆，老人松弛的脸，棋盘和扑克牌，爱恨和欲望，在血腥暴力的夜晚浮现。
40年前的字谜，雨夜里的暴徒，干化的血迹……黄昏别馆里的两段故事如交织的双链，串联起一段埋藏在陈旧时光里的往事。