肖林还不知道的是，这个世界上，已经出现了一个势力，将他和他的新美洲王国视为了绝对大敌。这个实力，就是欧洲上空的阴影，中世纪的统治者，王权上面的牢笼。好吧，其实就是教会。教会自从发现肖林庇护了自由刺客联盟之后，就对肖林有着一些敌意。本来要是肖林不惹事，他们也不至于大老远的和他过不去，毕竟在新大陆他们的影响力实在有限。
可是，没想到肖林是一路作死啊。不仅仅庇护了自由刺客联盟，还把他们捧到了高位，主动选拔人员加入自由刺客联盟。不过，这是他们眼中的，在肖林看来，他只是让这几个专业人士帮忙训练一批间谍和特工出来。不过人家可不这么看，他们百分百确定，什么间谍特工都是假的，主动帮助自由刺客联盟才是真的。
后面这些培训出来的间谍和特工一部分参与了两次对圣殿骑士组织的围剿，他们更是确定了这个想法。等到他们认真去了解公司之后，他们发现，这个公司居然是比自由刺客联盟对他们大业坏影响还要大的势力。公司提倡自由平等，鼓励科学研究，整个社会都充满了自由美好的气息，除了一个太阳神，甚至全面否定其它的神灵。
这其中，没有一个是他们能够原谅的。教会认为，过度的自由只会导致堕落。没有被约束的人们，只会陷入无穷无尽的纷争当中，从而导致无穷无尽的战争。这在以往的历史中已经证明了，他们确信不会出错。所以，他们觉得，必须有一个绝对强大的势力统治人们的思想。自然，他们认为自己就是当仁不让的人选。
可是公司不仅宣扬自由，还鼓励自由。更甚至，公司的科技实力已经远远超过了他们。最让他们不能容忍的，可能就是公司全盘否定上帝的存在了。肖林为了摆脱天主教基督教对白人们的影响，为了防止以后教会一个呼吁就出现一批白人起来反对他，他可是想尽了办法证明上帝的虚假性，一些证据被伪造出来，效果还是非常不错的，就是把教会可得罪惨了。
教会已经把炎黄贸易公司视为了生死大敌，可是肖林却完全不知道。欧洲并不是公司未来的重点，肖林从来没有打算攻上欧洲，自然不会再那里多浪费时间。阿列克谢他们培训出来的间谍和特工，肖林也派了一些回到欧洲，不过都在英国、法国、西班牙、葡萄牙四个国家里面，根本没有把目光放到教会身上去。阿列克谢他们也是懈怠了，公司的强大，给了他们巨大的安全感，已经不把教会放在眼里了。
自然，他们也就没有提醒到他。肖林倒是发现了圣殿骑士们在搞事情，但是他只知道他们是白人，并不知道他们是圣殿骑士，他还以为是一些对他赶跑英法，占据北美不满的两个国家的人。当时科
尔森因为带队袭击阿帕奇方面军的炮兵阵地没有成功被打了一个反埋伏，因为知道回去没有好下场，就此离开战场，提前回到了手下所在的部落里，找了个借口把手下全都带走了。
科尔森并不甘心就此回到欧洲，虽然他不会受到什么处罚，但是骄傲的他不允许自己一直失败。所以，他带着自己的团队来到了加勒比海湾。这里，有教会的隐藏力量，他要靠这股力量，在海盗当中崛起，积攒更大的力量，不断地拖延炎黄贸易公司强大的步伐。教会有一些人伪装成海盗，一直在这里活跃，一是为了埋下暗笔，二也是可以通过劫掠为教会提供一些资金。
科尔森毕竟是从小培养的圣殿骑士，实力和战略指挥能力并不差。如果不是因为公司太过团结强大，他也不至于落到这个地方。短短时间，这个三艘船，三百多人的海盗团就被他完全降服了。然后，依靠这点力量，他开始疯狂地扩张。也得亏他运气好，这个时候，没有人再关注海盗们。英国法国都被赶出了殖民地，在这里已经没有了利益。
西班牙和葡萄牙要不了多久也会把殖民地移交给公司，也没有闲心去管这些海盗了。肖林因为是大国出生，从来没有感受过海盗的力量，自然也不会把海盗放在眼里。海盗不招惹他他也不会去管他们，敢伸手不要说手，就是脑袋都给砍掉。伊吉克带着舰队几次出击后，也就没有了海盗敢招惹挂着公司旗帜的船。