仁宗死后，英宗将仁宗价值百余万的遗物颁赐群臣，司马光也获得近千缗。司马光将自己所得的赏赐全部交给谏院为公使钱。
治平四年（1067年），英宗病死，神宗赵顼即位。参知政事欧阳修极力向神宗推荐司马光，说他“德性淳正，学术通明”，神宗任司马光为翰林学士，不久，又任司马光为御史中丞。
司马光的故事还有很多，他要卖一匹马，这匹马毛色纯正漂亮，高大有力，性情温顺，只可惜夏季有肺病。司马光对管家说：“这匹马夏季有肺病，一定要告诉给买主听。”管家笑了笑说：“哪有人像你这样的呀？我们卖马怎么能把人家看不出来的毛病说出来呢。”司马光说：“一匹马多少钱事小，对人不讲真话，坏了做人的名声事大。我们做人必须诚信，要是失去了诚信，损失将更大。”管家听后惭愧极了。
交趾国遣使进贡来一只珍奇异兽，说是麒麟。司马光说：“大家都不知道麒麟是什么样子，也不知道是真是假。如果是真的，但不是它自己出现的，就算不得吉祥的象征；如果是假的，恐怕还会被远方的夷狄所笑。圣上应该厚赏使者，让他带回去。”
司马光有一个老仆，一直称呼他为“君实秀才”。一次苏轼来到司马光府邸，听到仆人叫“君实秀才”不禁好笑，戏谑道：“你家主人不是秀才，现在已经是宰相了，大家都叫他‘君实相公’呢！”老仆大吃一惊，以后见了司马光，都毕恭毕敬地尊称“君实相公”，司马光跌足长叹：“我家这个老仆，活活被子瞻教坏了。”
司马光当宰相后日理万机，桉头文书堆积如山，其中有不少是旧友来函。这些人在给司马光的信中，多半是回忆旧情，欲勾起司马光的怀旧情结，然后就是叙述个人目前处境如何不好，大有怀才不遇的感叹，继而或暗示或者恬不知耻地表示希望得到司马光的提携……司马光对这些来信并不是每函必复，对其中啼饥号寒者有时也给以恰当的接济；对有意进取功名者复函表示鼓励；对厚颜讨官要爵者则置之不理。
司马光也并非全然不念旧情，公余，他也有时忆起故旧，对旧友中那些德行好、有才气的，他是忘不掉的。
这一天，史馆的刘器之来拜望司马光，谈完公事后，司马光问刘器之道：“器之，你可曾知道，你是怎样进入史馆的？”
“知道知道！若不是君实兄为荐，器之将依旧是布衣寒士……”
不等刘器之说完感恩图报之类的话，司马光又问他道：“那你可知我为何要推荐你呢？”
“知道知道！这完全是君实兄有念旧之情……”
“哈哈！这点你就说错了！我的故友旧交倒确实不少，如果仅因念旧而荐人，那朝廷里不到处都会有我的旧友？”
刘器之听后一时茫然，他静待司马光说下去。
司马光果然接着说道：“在我赋闲居家时，你经常去我那里。我们在一起谈文论史，各抒己见，有时还争得面红耳赤。嘻嘻，回想起那段生活，还真有些意思。我当时心境不好，你常常宽慰我，鼓励我。我那时无权无势，能有你这样的朋友，真是幸事！后来我做了官，如今已是宰相，那些过去的泛泛之交，甚至仅见过一面、对答过几句话的人，都纷纷给我来信，借叙旧为名，行要官之实。可只有你是从不给我来信的人！你并不因为我居高位而生依附之心，你对我一无所求，依旧读书做学问！对失意人不踩，对得意人不捧，这就是你与其他人的最不同处。我就是冲这一点竭力向朝廷推荐你的……”
刘器之听罢，起身对司马光深深一揖：“君实兄知我，我由此更知君实兄！”
北宋士大夫生活富裕，有纳妾蓄妓的风尚。司马光和王安石、岳飞一样，是极为罕见的不纳妾、不储妓的人。婚后三十年余，妻子张夫人没有生育，司马光并未放在心上，也没想过纳妾生子。张夫人却急得要死。一次，她背着司马光买了一个美女，悄悄安置在卧室，自己借故外出。司马光见了不加理睬，到书房看书去了。美女也跟着到了书房，一番搔首弄姿后，又取出一本书随手翻了翻，娇滴滴地问：“请问先生，中丞是什么书呀？”司马光离她一丈，板起面孔拱手答道：“中丞是尚书，不是书！”美女很是无趣，大失所望地走了。
还有一次，司马光到丈人家赏花。张夫人和妈妈合计，又偷偷地安排了一个美貌丫鬟。司马光生气地对丫鬟说：“走开！夫人不在，你来见我作甚！”第二天，丈人家的宾客都知道了此事，十分敬佩，说司马光是“司马相如和卓文君”白头偕老的翻版。唯独一人笑道：“可惜司马光不会弹琴，只会骂人！”张夫人终身未育，司马光就收养了族人之子“司马康”作为养子。
司马光就这样和妻子相依为命。洛阳的灯会享誉天下，逢元宵节，张夫人想出去看灯，司马光说：“家里也点灯，何必出去看？”张夫人说：“不止是看灯，也随便看看游人。”司马光一笑说：“看人？难道我是鬼吗！”
司马光自己不纳妾，不留恋声色，对同事私通歌妓也很反感。他在出任定武从事时，同僚但凡私幸营妓，都得搞“地下工作”，偷偷摸摸地进行。一次，他听说有同僚在寺庙私会歌妓，就前去“捉奸”。同僚吓得六神无主，叮嘱歌妓越墙逃走。歌妓胆小，不肯跳墙，就匆匆忙忙地钻进和尚的床里。同僚见了司马光，终是害怕，只好一五一十地交代了实情。
司马光在洛阳编修资治通鉴时，居所极简陋，于是另辟一地下室，读书其间。当时大臣王拱辰亦居洛阳，宅第非常豪奢，中堂建屋三层，最上一层称朝天阁，洛阳人戏称：“王家钻天，司马入地。”司马光的妻子去世后，清贫的司马光无以为葬，拿不出给妻子办丧事的钱，只好把仅有的三顷薄田典当出去置棺理丧，尽了丈夫的责任。
俗语说：三年清知府，十万雪花银。在封建社会，大多数人苦读寒窗，跻身仕途，无不是为了显耀门庭荣华富贵，泽被后世荫及子孙。可司马光任官近40 年，而且官高权重，竟然典地葬妻，在这些人面前，司马光的清廉更显可贵。
嘉祜八年三月，宋仁宗诏赐司马光金钱百余万，珍宝丝绸无数，但司马光不为所动。司马光年老体弱时，其友刘贤良拟用50万钱买一婢女供其使唤，司马光婉言拒之，他说：“吾几十年来，食不敢常有肉，衣不敢有纯帛，多穿麻葛粗布，何敢以五十万市一婢乎？”
仁宗在位时。王安石上书论政，长达万言。在此万言书中，陈明他对改革财政的基本原则，“因天 下之力以生天下之财，取天下之财以供天下之费。”他说自宋开国以来，政府即感 财力不足之苦，此皆因缺乏一良好之财政经济政策。此等政策之所以未为人所想到， 只因为没有伟大的人与他共谋其事。仁宗皇帝把他的万言书看完就置请高阁了。在随后英宗皇帝当政的短短四年之中， 王安石又蒙思召，但是他辞谢不就。因为仁宗无子， 仁宗驾崩后他曾奏请免立英宗，因此他心中感觉不安。
后来英宗之子神宗即位， 立即任王安石为江宁知府，九月又将他拜为翰林。圣命一到，王安石立即拜受官职。但是七个月后才成行。
王安石到达京都不久，司马光就和他在神宗面前争论起来，这时国库空虚，祭天大典时皇帝竟想免去赐与臣子的银两绸缎，这样可以节省一笔钱。王安石认为国库空虚完全是因为朝臣不知道生财之道。 司马光反驳说：“你的所谓财政，就是在百姓身上多征捐税而已。” 王安石道：“不是。善于理财者能使国库充裕而不增加捐税。” 司马光说：“多么荒唐！一个国家的财富是固定的，这笔财富不是在百姓 手中，就是在政府手中。不论你实行什么政策，你就是把百姓手中的钱拿过来一部分交给政府罢了。”好像也有理。
司马光的一生就干了这两件事 ，一是编写《资治通鉴》，二是反对王安石的新法。 但是有一点必须注意：司马光与王安石政见不和，仅仅是在政治观点上有分歧，在本质上都是为国为民。王安石痛恨司马光之余，也由衷地说：“司马君实，君子人也！”一个令政敌都叹为君子的人，绝对不会是一个小人！
司马光在政治上的理解比王安石要深刻得多，在为变法的问题上斗得死去活来之后，司马光留下了这样的见解：“介甫无它，唯执拗耳”。
司马光道德才智当代罕见其匹，但他争理不争利。，他和王安石只是在政策上水火不容。当代一个批评家曾说：“王安石必行新政始允为相，司马光必除新政始允为枢密副使。”
有着高度政治敏感的司马光，觉察到了变法的不妥，但具体哪里不妥，限于当时的历史条件，司马光也无法对变法方桉作出有力辩驳。终其所述只有“不妥”二字。宋神宗说他无理取闹，他不得不远离政治中心出走洛阳，有人劝他弹劾王安石，可是我们的司马大人却一口回绝了：王没有任何私心，不知道为什么要这样做？面对身为副宰相的王安石，司马光毫不犹豫地选择了退让。