窦建德人马回头看见官军旗帜，全军崩溃。
李世民追逐攻打三十里，斩首级三千多个，俘虏贼众五万，窦建德逃跑到牛口渚，被唐将白士让、杨武威活捉了。
在这之前，军队里头传开童谣说:豆入牛口，势不得久。
窦建德走到牛口渚，想起这童谣，心里非常憎恨这个地方，也感觉到自己要在这个地方失败，果然，他就在这个地方被活捉了。
李世民责备他说：“我兴师问罪，本就是为了对付王世充，得失存亡，不干你事，为什么越过边境，冒犯我军锋锐？”
窦建德恐惧，两腿发抖说：“现在我假若不来，怕麻烦你远远地攻取我啊！”
他所带领的人马，看见窦建德被抓，一下子都逃散了，妻子曹氏以及他的左仆射齐善行率领几百人逃回洺州。
窦建德的余部想立窦建德的养子为君主，齐善行说:夏王平定了河北，兵强马壮，一下子就被捉走了，难道不是天命注定的吗?不如一心请求唐朝保全大伙儿的生命，不要给老百姓造成灾难困苦。说着，把库存的财物全部分发给士卒，让他们各自离开。
齐善行这才跟右仆射裴矩、行台曹旦以及窦建德的妻子带领夏国的官员属吏进献山东的土地，交出夏国的八枚印章向唐朝投降。
他这个做法非常的明形势，所以，他后来历任左二护军，历冀州总管，在贞观年间，历任广州、夔州、兰州、越州都督，做到了善终。
七月，李世民把窦建德押到京城，李渊大喜，亲手写诏书道：“隋朝分崩，崤山、函谷关隔绝。两雄会合，一朝清平。军队已经获胜，更没有死伤。做臣子的不惭愧，做君父的不担忧，都是你的功劳！”
窦建德被押往长安后，在集市斩首，时年四十九岁。
他实际上是所有起义领袖当中，为人最仁义，胸怀最大的一名领袖。
他每当攻陷城镇，打败对手后，所得到的财物，一起分发奖赏给各位将领，自己一样东西都不要。平时又不吃肉，日常吃的只是蔬菜、脱皮粟的米饭。
窦建德的妻子曹氏也不穿丝织衣裳，小妻、侍女只有十几人。他进聊城后，得到上千名宫女，都有姣艳的容貌姿色，当即遣散。
他再得到隋朝文武官员和骁勇果敢的武士上万人，也遣散，听凭他们到哪里去，还任命隋朝的黄门侍郎裴矩为尚书左仆射，兵部侍郎崔君肃为侍中，少府令何稠为工部尚书，其他人按照才能专长授予官职，交付实权。
他们中有想到关中和东都去投奔别人的，照样发给足够的衣物食粮，派兵护卫，送出辖区。
这些都体现了他仁慈胸怀的人，其中，对徐世绩的叛逃，也同样展示了他宽广的胸怀。
武德三年，公元620年正月，徐世绩撇下父亲，逃回李唐朝廷去了。
执法官吏请求杀掉徐世绩的父亲，而窦建德却说:徐世绩本来是唐朝廷的臣子，被俘以后，不背叛他的国君，逃回他自己的朝廷，这是忠臣，他的父亲有什么罪过?就一直没有杀他的父亲。
赵州刺史张昂、邢州刺史陈君宾、大使张道源等人，突然袭击窦建德辖区的边境，窦建德击败他们后，打算要杀掉他们。
国子祭酒凌敬劝谏说:狗对不是它的主人的人都会吠叫，现在邻居防守牢固，因力量用尽而被俘，这才是忠诚可靠的男子汉。如果处死他们，怎么勉励大王您的臣下们呢?
窦建德大怒说:我已兵临城下，他还执迷不悟不肯投降，使我的部队吃了苦头，死罪怎么能够赦免?
凌敬又说:如今您派大将军高士兴在易水抵御罗艺，罗艺军队才到，如果高士兴就投降，您又认为行不行呢?
窦建德听了，就下令放了他们。
我们通过窦建德的这些行为，可以看出来，他确实有帝王之相，可惜的是，他遇到的是比他更厉害的李世民，所以，他只能失败。
但，他抗击暴隋的统治，击败宇文化及，这些都是他所做出的历史功绩，以此，足以流芳。
惜哉，大夏皇帝窦建德！