朱由检搞死魏忠贤后，开始清算阉党。
此时的明朝中央政府机构中，遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。
为此，朱由检觉得清算魏党的战斗刻不容缓。
他先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。
从天启七年，公元1627年十一月至崇祯二年，公元1629年三月，清查阉党逆案的罗网撒开。
除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。与此同时，朱由检下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。
在定阉党逆案的同时，崇祯帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。从理论上讲，褒扬正义，铲除邪恶，朱由检都一一做到了。
他除恶扬善，求的是上下齐心，一心向善。然而，阉党和东林党的斗争，也让朱由检品尝到了政治的苦涩。
阉党和东林党的斗争由来已久，用清初士人的话来说，东林未必都君子，而阉党未必皆小人也，所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方也只能是相对而已。
两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的朱由检就此陷入了一场永无休止的战争之中。
明朝自万历以来，党争不断，东林与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于导致天启年间阉党专政的局面。
朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党， 但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事。
他清理完阉党之后，开始了他的勤政廉政。
朱由检勤政到什么程度呢？
有一次，他去慈宁宫拜见宫中最有威望的刘太妃时，竟然坐着睡着了。
刘太妃命人拿来锦被给朱由检盖上。
朱由检醒来后，苦涩地说，为处理公文，召见群臣他很少能休息，已经两夜未眠，说罢与刘太妃相对落泪。
朱由检白天在文华殿批阅奏章，接见群臣，晚上则在乾清宫看奏章，遇到军情紧急时便连续几昼夜不能休息。
明朝自太祖朱元璋以来，像朱由检这样勤政的君主，真是罕见的勤政之君！
他除了照例应免日期之外，每日视朝，并参加日讲和经筵。
一日，他参加日讲时，由于疲惫不堪，随意把脚放到台楞之上。
这时，日讲官文震孟正好讲到《尚书》中“为上者奈何不敬”一句，便抬眼注视皇上翘起的脚。
朱由检不好意思地以袍袖遮掩，把脚徐徐放下。